作者，Evil Genius 今天我们参考的文章来自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
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IP属地：西藏
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癌症的微环境和表观遗传驱动因素 -
CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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3.Single-cell sequencing in stem cell biology
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳动物早期胚胎中只有少量多能干细胞；组织特异性干细胞通常只有少量存在于特殊的组织和...
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cel格式的芯片原始数据处理
收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。 1.初步探索 表达矩阵确实是空的，不过附件里提供了cel格式的原始...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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德布鲁因图 (De Bruijn graph)在图论[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m个符号的n维德布鲁因图是表示符号序列之间重叠的有向图[https://en...
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关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 优点：利于分类整理结果。 两类测序bias 长度bi...
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转录组--STAR比对（可用于差异分析、可变剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比对(若用于GATK，可不排序输出sam文件) 1)常规比对（一次2个吧, 用于差异分析） 2-pass模式（用于RNA数据的GATK--call_snp） ...
