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    芯片数据和RNA-seq的差异分析流程

    由于太久没有分析过bulk数据了,前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚,所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。...

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    CIBERSORT:反卷积推测bulk中的细胞类型

    五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT,这个包其实很早就想学的,因为现在一般的单细胞文章的套路,很难不用到它,那么它能干什么呢?它能够推测...

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    单细胞差异基因展示图

    最近看到一个公众号,分享了一个图片,公众号的名字为西红柿的空间转录组,代码均来着这个公众号,废话不多说,先看看图长什么样 直接上代码 加载数据与...

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    ComplexHeatmap:在热图上把基因标记出来

    今天给大家介绍一个很强大的包,这个包我也是只是学了冰山一角,更多的功能还是需要多查一些资料。想必大家看文章经常看见这种比较漂亮的图片吧 哦豁,这...

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    Monocle3:拟时序分析

    写在前面:今天突然想写这个教程,花了一下午看资料,其实我前面是有一些基础的,但是看的还是会很乱,所以想把这个包的脉络写一下,希望能够可以跟大家讨...

  • SCENIC-转录因子分析

    今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献,看看别人做了什么scenic分析《Single-cell RN...

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    Rcis Target:基因集找其调控因子和motif

    写在前面:今天学习了Rcis Target这个包,每一次在学习一个包之前,苦恼和痛苦是不知道这个R包用来do for what?why to d...

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    简书创作

    浅显的简书创作格式的讲解,适用人群为想在简书上写/分享代码的好同学 1.理解简书的两种编辑器 简书有两种编辑器,一种是富文本编辑器,还有一种是M...

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    AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

    AUCell:能够看出某个通路在细胞中的激活情况,在文章中可以用于差异比较,即这个通路多数在巨噬细胞中激活,而在其他细胞群中不激活 1.R包的下...