cel格式的芯片原始数据处理

收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。

1.初步探索

library(tinyarray)
gse_number = "GSE61260"
b = geo_download(gse_number)
## Warning in geo_download(gse_number): exp is empty
pd = b$pd # 表达矩阵是空的但临床信息有东西
gpl_number = b$gpl #编号也正确

表达矩阵确实是空的，不过附件里提供了cel格式的原始数据，打开这个数据的geo页面即可看到。
它有个写着标准化了的数据，目测是正常的矩阵。但不把握。还是自己搞一下看看。

2.cel原始数据处理

原始数据👉500+M，自己弄起来确实费劲，下载速度，计算资源都可能是限制。拿现成的应该会很快乐O(∩_∩)O。

# BiocManager::install(c('oligo','pd.hugene.1.1.st.v1' ),ask = F,update = F)
library(oligo) 

dir='GSE61260_RAW/'
od=getwd()
setwd(dir)
celFiles <- list.celfiles(listGzipped = T)
celFiles
##   [1] "GSM1501013_A1970-01.CEL.gz" "GSM1501014_A1891-01.CEL.gz"
##   [3] "GSM1501015_A1891-03.CEL.gz" "GSM1501016_A1359-01.CEL.gz"
##   [5] "GSM1501017_A1891-04.CEL.gz" "GSM1501018_A1970-02.CEL.gz"
##   [7] "GSM1501019_A1891-05.CEL.gz" "GSM1501020_A1359-02.CEL.gz"
##   [9] "GSM1501021_A1891-06.CEL.gz" "GSM1501022_A1891-07.CEL.gz"
##  [11] "GSM1501023_A1891-08.CEL.gz" "GSM1501024_A1359-03.CEL.gz"
##  [13] "GSM1501025_A1970-04.CEL.gz" "GSM1501026_A1970-05.CEL.gz"
##  [15] "GSM1501027_A1970-06.CEL.gz" "GSM1501028_A1359-04.CEL.gz"
##  [17] "GSM1501029_A1891-09.CEL.gz" "GSM1501030_A1970-07.CEL.gz"
##  [19] "GSM1501031_A1891-10.CEL.gz" "GSM1501032_A1359-05.CEL.gz"
##  [21] "GSM1501033_A1970-08.CEL.gz" "GSM1501034_A1891-11.CEL.gz"
##  [23] "GSM1501035_A1970-09.CEL.gz" "GSM1501036_A1970-10.CEL.gz"
##  [25] "GSM1501037_A1970-11.CEL.gz" "GSM1501038_A1891-12.CEL.gz"
##  [27] "GSM1501039_A1970-12.CEL.gz" "GSM1501040_A1891-13.CEL.gz"
##  [29] "GSM1501041_A1970-13.CEL.gz" "GSM1501042_A1359-07.CEL.gz"
##  [31] "GSM1501043_A1891-14.CEL.gz" "GSM1501044_A1970-14.CEL.gz"
##  [33] "GSM1501045_A1359-08.CEL.gz" "GSM1501046_A1359-09.CEL.gz"
##  [35] "GSM1501047_A1359-10.CEL.gz" "GSM1501048_A1970-15.CEL.gz"
##  [37] "GSM1501049_A1970-16.CEL.gz" "GSM1501050_A1970-17.CEL.gz"
##  [39] "GSM1501051_A1970-18.CEL.gz" "GSM1501052_A1970-19.CEL.gz"
##  [41] "GSM1501053_A1891-15.CEL.gz" "GSM1501054_A1359-12.CEL.gz"
##  [43] "GSM1501055_A1970-20.CEL.gz" "GSM1501056_A1359-13.CEL.gz"
##  [45] "GSM1501057_A1359-14.CEL.gz" "GSM1501058_A1359-15.CEL.gz"
##  [47] "GSM1501059_A1359-16.CEL.gz" "GSM1501060_A1359-17.CEL.gz"
##  [49] "GSM1501061_A1970-21.CEL.gz" "GSM1501062_A1359-18.CEL.gz"
##  [51] "GSM1501063_A1891-17.CEL.gz" "GSM1501064_A1970-23.CEL.gz"
##  [53] "GSM1501065_A1970-24.CEL.gz" "GSM1501066_A1970-25.CEL.gz"
##  [55] "GSM1501067_A1891-18.CEL.gz" "GSM1501068_A1359-20.CEL.gz"
##  [57] "GSM1501069_A1359-21.CEL.gz" "GSM1501070_A1970-26.CEL.gz"
##  [59] "GSM1501071_A1359-22.CEL.gz" "GSM1501072_A1359-23.CEL.gz"
##  [61] "GSM1501073_A1359-24.CEL.gz" "GSM1501074_A1649-01.CEL.gz"
##  [63] "GSM1501075_A1359-25.CEL.gz" "GSM1501076_A1359-26.CEL.gz"
##  [65] "GSM1501077_A1891-19.CEL.gz" "GSM1501078_A1891-20.CEL.gz"
##  [67] "GSM1501079_A1970-28.CEL.gz" "GSM1501080_A1359-27.CEL.gz"
##  [69] "GSM1501081_A1359-29.CEL.gz" "GSM1501082_A1359-30.CEL.gz"
##  [71] "GSM1501083_A1891-21.CEL.gz" "GSM1501084_A1359-32.CEL.gz"
##  [73] "GSM1501085_A1359-33.CEL.gz" "GSM1501086_A1359-34.CEL.gz"
##  [75] "GSM1501087_A1359-35.CEL.gz" "GSM1501088_A1359-36.CEL.gz"
##  [77] "GSM1501089_A1359-37.CEL.gz" "GSM1501090_A1359-38.CEL.gz"
##  [79] "GSM1501091_A1359-39.CEL.gz" "GSM1501092_A1359-40.CEL.gz"
##  [81] "GSM1501093_A1891-22.CEL.gz" "GSM1501094_A1359-41.CEL.gz"
##  [83] "GSM1501095_A1359-44.CEL.gz" "GSM1501096_A1359-45.CEL.gz"
##  [85] "GSM1501097_A1359-46.CEL.gz" "GSM1501098_A1359-49.CEL.gz"
##  [87] "GSM1501099_A1970-29.CEL.gz" "GSM1501100_A1970-30.CEL.gz"
##  [89] "GSM1501101_A1649-05.CEL.gz" "GSM1501102_A1970-31.CEL.gz"
##  [91] "GSM1501103_A1359-54.CEL.gz" "GSM1501104_A1649-08.CEL.gz"
##  [93] "GSM1501105_A1359-55.CEL.gz" "GSM1501106_A1649-06.CEL.gz"
##  [95] "GSM1501107_A1891-24.CEL.gz" "GSM1501108_A1970-32.CEL.gz"
##  [97] "GSM1501109_A1934-01.CEL.gz" "GSM1501110_A1359-57.CEL.gz"
##  [99] "GSM1501111_A1359-59.CEL.gz" "GSM1501112_A1934-02.CEL.gz"
## [101] "GSM1501113_A1970-33.CEL.gz" "GSM1501114_A1359-61.CEL.gz"
## [103] "GSM1501115_A1359-62.CEL.gz" "GSM1501116_A1359-63.CEL.gz"
## [105] "GSM1501117_A1359-64.CEL.gz" "GSM1501118_A1970-34.CEL.gz"
## [107] "GSM1501119_A1934-04.CEL.gz" "GSM1501120_A1934-05.CEL.gz"
## [109] "GSM1501121_A1934-06.CEL.gz" "GSM1501122_A1934-07.CEL.gz"
## [111] "GSM1501123_A1934-08.CEL.gz" "GSM1501124_A1934-09.CEL.gz"
## [113] "GSM1501125_A1970-35.CEL.gz" "GSM1501126_A1934-10.CEL.gz"
## [115] "GSM1501127_A1934-11.CEL.gz" "GSM1501128_A1934-12.CEL.gz"
## [117] "GSM1501129_A1934-13.CEL.gz" "GSM1501130_A1934-14.CEL.gz"
## [119] "GSM1501131_A1934-15.CEL.gz" "GSM1501132_A1934-16.CEL.gz"
## [121] "GSM1501133_A1970-36.CEL.gz" "GSM1501134_A1970-37.CEL.gz"
## [123] "GSM1501135_A1970-38.CEL.gz" "GSM1501136_A1970-39.CEL.gz"
## [125] "GSM1501137_A1970-40.CEL.gz" "GSM1501138_A1970-41.CEL.gz"
## [127] "GSM1501139_A1970-42.CEL.gz" "GSM1501140_A1970-43.CEL.gz"
## [129] "GSM1501141_A1970-44.CEL.gz" "GSM1501142_A1970-45.CEL.gz"
## [131] "GSM1501143_A1970-46.CEL.gz" "GSM1501144_A1970-47.CEL.gz"
## [133] "GSM1501145_A1970-48.CEL.gz" "GSM1501146_A1970-49.CEL.gz"
affyRaw <- read.celfiles( celFiles )
## Reading in : GSM1501013_A1970-01.CEL.gz
## Reading in : GSM1501014_A1891-01.CEL.gz
## Reading in : GSM1501015_A1891-03.CEL.gz
## Reading in : GSM1501016_A1359-01.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501018_A1970-02.CEL.gz
## Reading in : GSM1501019_A1891-05.CEL.gz
## Reading in : GSM1501020_A1359-02.CEL.gz
## Reading in : GSM1501021_A1891-06.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501023_A1891-08.CEL.gz
## Reading in : GSM1501024_A1359-03.CEL.gz
## Reading in : GSM1501025_A1970-04.CEL.gz
## Reading in : GSM1501026_A1970-05.CEL.gz
## Reading in : GSM1501027_A1970-06.CEL.gz
## Reading in : GSM1501028_A1359-04.CEL.gz
## Reading in : GSM1501029_A1891-09.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501072_A1359-23.CEL.gz
## Reading in : GSM1501073_A1359-24.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501075_A1359-25.CEL.gz
## Reading in : GSM1501076_A1359-26.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501080_A1359-27.CEL.gz
## Reading in : GSM1501081_A1359-29.CEL.gz
## Reading in : GSM1501082_A1359-30.CEL.gz
## Reading in : GSM1501083_A1891-21.CEL.gz
## Reading in : GSM1501084_A1359-32.CEL.gz
## Reading in : GSM1501085_A1359-33.CEL.gz
## Reading in : GSM1501086_A1359-34.CEL.gz
## Reading in : GSM1501087_A1359-35.CEL.gz
## Reading in : GSM1501088_A1359-36.CEL.gz
## Reading in : GSM1501089_A1359-37.CEL.gz
## Reading in : GSM1501090_A1359-38.CEL.gz
## Reading in : GSM1501091_A1359-39.CEL.gz
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## Reading in : GSM1501097_A1359-46.CEL.gz
## Reading in : GSM1501098_A1359-49.CEL.gz
## Reading in : GSM1501099_A1970-29.CEL.gz
## Reading in : GSM1501100_A1970-30.CEL.gz
## Reading in : GSM1501101_A1649-05.CEL.gz
## Reading in : GSM1501102_A1970-31.CEL.gz
## Reading in : GSM1501103_A1359-54.CEL.gz
## Reading in : GSM1501104_A1649-08.CEL.gz
## Reading in : GSM1501105_A1359-55.CEL.gz
## Reading in : GSM1501106_A1649-06.CEL.gz
## Reading in : GSM1501107_A1891-24.CEL.gz
## Reading in : GSM1501108_A1970-32.CEL.gz
## Reading in : GSM1501109_A1934-01.CEL.gz
## Reading in : GSM1501110_A1359-57.CEL.gz
## Reading in : GSM1501111_A1359-59.CEL.gz
## Reading in : GSM1501112_A1934-02.CEL.gz
## Reading in : GSM1501113_A1970-33.CEL.gz
## Reading in : GSM1501114_A1359-61.CEL.gz
## Reading in : GSM1501115_A1359-62.CEL.gz
## Reading in : GSM1501116_A1359-63.CEL.gz
## Reading in : GSM1501117_A1359-64.CEL.gz
## Reading in : GSM1501118_A1970-34.CEL.gz
## Reading in : GSM1501119_A1934-04.CEL.gz
## Reading in : GSM1501120_A1934-05.CEL.gz
## Reading in : GSM1501121_A1934-06.CEL.gz
## Reading in : GSM1501122_A1934-07.CEL.gz
## Reading in : GSM1501123_A1934-08.CEL.gz
## Reading in : GSM1501124_A1934-09.CEL.gz
## Reading in : GSM1501125_A1970-35.CEL.gz
## Reading in : GSM1501126_A1934-10.CEL.gz
## Reading in : GSM1501127_A1934-11.CEL.gz
## Reading in : GSM1501128_A1934-12.CEL.gz
## Reading in : GSM1501129_A1934-13.CEL.gz
## Reading in : GSM1501130_A1934-14.CEL.gz
## Reading in : GSM1501131_A1934-15.CEL.gz
## Reading in : GSM1501132_A1934-16.CEL.gz
## Reading in : GSM1501133_A1970-36.CEL.gz
## Reading in : GSM1501134_A1970-37.CEL.gz
## Reading in : GSM1501135_A1970-38.CEL.gz
## Reading in : GSM1501136_A1970-39.CEL.gz
## Reading in : GSM1501137_A1970-40.CEL.gz
## Reading in : GSM1501138_A1970-41.CEL.gz
## Reading in : GSM1501139_A1970-42.CEL.gz
## Reading in : GSM1501140_A1970-43.CEL.gz
## Reading in : GSM1501141_A1970-44.CEL.gz
## Reading in : GSM1501142_A1970-45.CEL.gz
## Reading in : GSM1501143_A1970-46.CEL.gz
## Reading in : GSM1501144_A1970-47.CEL.gz
## Reading in : GSM1501145_A1970-48.CEL.gz
## Reading in : GSM1501146_A1970-49.CEL.gz
setwd(od)
eset <- rma(affyRaw)
## Background correcting
## Normalizing
## Calculating Expression
eset
## ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
## assayData: 33297 features, 134 samples 
##   element names: exprs 
## protocolData
##   rowNames: GSM1501013_A1970-01.CEL.gz GSM1501014_A1891-01.CEL.gz ...
##     GSM1501146_A1970-49.CEL.gz (134 total)
##   varLabels: exprs dates
##   varMetadata: labelDescription channel
## phenoData
##   rowNames: GSM1501013_A1970-01.CEL.gz GSM1501014_A1891-01.CEL.gz ...
##     GSM1501146_A1970-49.CEL.gz (134 total)
##   varLabels: index
##   varMetadata: labelDescription channel
## featureData: none
## experimentData: use 'experimentData(object)'
## Annotation: pd.hugene.1.1.st.v1
save(eset,celFiles,file = "eset.Rdata")
library(GEOquery)
exp = exprs(eset) # 只有表达矩阵可以用，其他的不行。
save(gse_number,exp,pd,gpl_number,file = "step1output.Rdata")

O的K，有了表达矩阵，临床信息，gpl编号，后面的流程就可以搞起来了。

最后编辑于：2023.03.30 19:48:38

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救了他两次的神仙让他今天三更去死
文/潘晓璐我一进店门，熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来，“玉大人，你说我怎么就摊上这事。” “怎么了？”我有些...
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道士缉凶录：失踪的卖姜人
文/不坏的土叔我叫张陵，是天一观的道长。经常有香客问我，道长，这世上最难降的妖魔是什么？我笑而不...
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港岛之恋（遗憾婚礼）
正文为了忘掉前任，我火速办了婚礼，结果婚礼上，老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己，他们只是感情好，可当我...
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恶毒庶女顶嫁案：这布局不是一般人想出来的
文/花漫我一把揭开白布。她就那样静静地躺着，像睡着了一般。火红的嫁衣衬着肌肤如雪。梳的纹丝不乱的头发上，一...
开封第一讲书人阅读 48,572评论 1赞 281
城市分裂传说
那天，我揣着相机与录音，去河边找鬼。笑死，一个胖子当着我的面吹牛，可吹牛的内容都是我干的。我是一名探鬼主播，决...
沈念sama阅读 37,936评论 3赞 395
双鸳鸯连环套：你想象不到人心有多黑
文/苍兰香墨我猛地睁开眼，长吁一口气：“原来是场噩梦啊……” “哼！你这毒妇竟也来了？” 一声冷哼从身侧响起，我...
开封第一讲书人阅读 36,595评论 0赞 258
万荣杀人案实录
序言：老挝万荣一对情侣失踪，失踪者是张志新（化名）和其女友刘颖，没想到半个月后，有当地人在树林里发现了一具尸体，经...
沈念sama阅读 40,850评论 1赞 297
护林员之死
正文独居荒郊野岭守林人离奇死亡，尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋以下内容为张勋视角年9月15日...
茶点故事阅读 35,601评论 2赞 321
白月光启示录
正文我和宋清朗相恋三年，在试婚纱的时候发现自己被绿了。大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
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活死人
序言：一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡，死状恐怖，灵堂内的尸体忽然破棺而出，到底是诈尸还是另有隐情，我是刑警宁泽，带...
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日本核电站爆炸内幕
正文年R本政府宣布，位于F岛的核电站，受9级特大地震影响，放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜，却给世界环境...
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男人毒药：我在死后第九天来索命
文/蒙蒙一、第九天我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。院中可真热闹，春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
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一桩弑父案，背后竟有这般阴谋
文/苍兰香墨我抬头看了看天上的太阳。三九已至，却和暖如春，着一层夹袄步出监牢的瞬间，已是汗流浃背。一阵脚步声响...
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情欲美人皮
我被黑心中介骗来泰国打工，没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道东北人。一个月前我还...
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代替公主和亲
正文我出身青楼，却偏偏与公主长得像，于是被迫代替她去往敌国和亲。传闻我的和亲对象是个残疾皇子，可洞房花烛夜当晚...
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cel格式的芯片原始数据处理

1.初步探索

2.cel原始数据处理

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