240 发简信
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  • 简书答疑公告

    其实我转移到了别的平台,简书很久才看一次,评论看到的时候基本已经过去很多天,另外平时工作繁忙,很少有功夫回复。如果是跟我的教程学习,有卡住的情况...

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    python单细胞数据的基因集打分

    1.R包和数据准备 随便一个h5文件即可。我这里使用的是pbmc3k,scanpy推文最后生成的文件就是它。 2.获取用于评分的基因集合 基本上...

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    不看KM-plot,不做cox回归,怎么量化哪个组的预后好

    背景知识 讲课讲到批量的logrank test可以告诉我们两个组之间的生存率差别是否显著,收到提问说: 老师,刚才的 生存分析中,展示了所有基...

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    富集的物种不是人咋整啊

    1.ID转换 首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢? 如果拿ENTRIZID来做,会收到这样式的报错信息: 那我...

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    WGCNA(一)案例:研究苹果的果皮颜色机制

    任务驱使,直接看代码不明白是在干嘛。所以找了基因课的WGCNA课程来看,链接:http://genek.tv/[http://genek.tv/...

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    python 单细胞scanpy流程

    1.数据和包准备 著名的pbmc3k数据:https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc...

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    一个数据里两种分组信息怎么做差异分析

    1.背景知识 众所周知,limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析,可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两...

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    什么?一个单细胞样本变成俩了?

    1.背景知识 众所周知,单细胞转录组数据的输入文件是多种多样的,详见:不同文件格式单细胞数据读取流程 https://mp.weixin.qq....