1.R包和数据准备 随便一个h5文件即可。我这里使用的是pbmc3k，scanpy推文最后生成的文件就是它。 2.获取用于评分的基因集合 基本上大家使用的各种评分的基因集，都...
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python单细胞数据的基因集打分 -
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不看KM-plot，不做cox回归，怎么量化哪个组的预后好背景知识 讲课讲到批量的logrank test可以告诉我们两个组之间的生存率差别是否显著，收到提问说： 老师，刚才的 生存分析中，展示了所有基因的p值，有没有其他列可以判断...
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富集的物种不是人咋整啊1.ID转换 首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息： 那我们就知道应该用AT开头的ID了...
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WGCNA（一）案例：研究苹果的果皮颜色机制任务驱使，直接看代码不明白是在干嘛。所以找了基因课的WGCNA课程来看，链接：http://genek.tv/[http://genek.tv/]，本文是该课程的学习记录。 ...
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python 单细胞scanpy流程1.数据和包准备 著名的pbmc3k数据：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gen...
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一个数据里两种分组信息怎么做差异分析1.背景知识 众所周知，limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析，可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两差异分析的批量做法。 有的实验...
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什么？一个单细胞样本变成俩了？1.背景知识 众所周知，单细胞转录组数据的输入文件是多种多样的，详见:不同文件格式单细胞数据读取流程 https://mp.weixin.qq.com/s/W7szy-Kg6...
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log10数据要当心基因表达芯片的数值范围是需要关注的信息。 可以从箱线图上面看出大部分的端倪。 特殊数据看过来 这个数据的范围是在0-4之间的。正常的log之后的数据范围是0~20之间，这个范...
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trans_array：探针表达矩阵转换为基因表达矩阵 [TOC] #### 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。 因为探针和基因不是...
[TOC] 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。 因为探针和基因不是一一对应的关系，会存在多个探针对应同一个基因的情况。例如...
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装R包，被网络给制住了？网络不好如何装包，本地安装方法和注意事项 1.R包正规军：大多数的包可以被镜像解决 R包正规军有两支部队，一支是CRAN，是R语言官方网站，各种方向都有。一支是Biocond...
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R语言4.3该考虑更新了，或者也可以…初学者 推荐直接装最新版R。见https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/[https://www.bilibili.com/vi...
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CellChat细胞通讯0. 背景知识 细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个，我们习惯使用的R包是CellChat。 这个是CellChat的一手教程： https://htmlprevie...
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多样本monocle拟时序分析0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。 如果让ai来说拟时序的目...
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monocle单样本拟时序分析0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。 如果让ai来说拟时序的目...
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为什么你的R语言不能默认显示英文呢1.为什么我们偏爱英文的提示和报错？ 因为学习新技能，怎么样都要遇到问题并解决问题的，英文的报错信息更容易搜索得到答案，而中文的就不怎么好搜。mac的同学就不用看了，默认就是...