小洁忘了怎么分身

网上可以搜到大量的R语言singleR的代码和教程，但python版的就比较少啦，恭喜你找到了我。 1.文件读取 输入的数据是10X标准的三个文件 用read_10x_mtx...

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本文比较长，长到需要一个目录ORA1.输入数据之基因2.输入数据之基因集合2.1 可以是预设的基因集合名称2.2 可以是来自msigdb网站的gmt2.3也可以是完全自定义的...

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1.R包和数据准备 随便一个h5文件即可。我这里使用的是pbmc3k，scanpy推文最后生成的文件就是它。 2.获取用于评分的基因集合 基本上大家使用的各种评分的基因集，都...

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背景知识 讲课讲到批量的logrank test可以告诉我们两个组之间的生存率差别是否显著，收到提问说： 老师，刚才的 生存分析中，展示了所有基因的p值，有没有其他列可以判断...

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1.ID转换 首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息： 那我们就知道应该用AT开头的ID了...

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任务驱使，直接看代码不明白是在干嘛。所以找了基因课的WGCNA课程来看，链接：http://genek.tv/[http://genek.tv/]，本文是该课程的学习记录。 ...

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1.数据和包准备 著名的pbmc3k数据：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gen...

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1.背景知识 众所周知，limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析，可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两差异分析的批量做法。 有的实验...

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1.背景知识 众所周知，单细胞转录组数据的输入文件是多种多样的，详见:不同文件格式单细胞数据读取流程 https://mp.weixin.qq.com/s/W7szy-Kg6...

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基因表达芯片的数值范围是需要关注的信息。 可以从箱线图上面看出大部分的端倪。 特殊数据看过来 这个数据的范围是在0-4之间的。正常的log之后的数据范围是0~20之间，这个范...

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网络不好如何装包，本地安装方法和注意事项 1.R包正规军：大多数的包可以被镜像解决 R包正规军有两支部队，一支是CRAN，是R语言官方网站，各种方向都有。一支是Biocond...

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今天来了一个大一的小朋友正在跟我的学习小组，教程里面有一个新建txt。她不会！ 啊这。 让我们来看一下可以肿么新建，三种方法拿出来。 [TOC] 其中，代码新建是可以批量操作...

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初学者 推荐直接装最新版R。见https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/[https://www.bilibili.com/vi...

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这篇文章介绍的是有分组的单细胞数据怎样分析，数据来自GEO的GSE231920，有3个treat，3个control样本，代码完整，可以自行下载数据跑一跑，但请注意细胞数量是...

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0. 背景知识 细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个，我们习惯使用的R包是CellChat。 这个是CellChat的一手教程： https://htmlprevie...

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0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。 如果让ai来说拟时序的目...