接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以进行可视化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
发简信
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单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（二） -
生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...
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单细胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一种基于模型的深度神经网络（DNN）框架 已知：mRNA的转录动力学由转录速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）决定，未剪接和剪接mRNA之间的平衡...
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基于R对TCGA患者临床数据整理和Cox分析
一、数据整理 1 导入数据 利用data.table包导入数据，以LUAD为例 2 选择感兴趣的临床信息 一般常规项包括submitter_id，vital_status，t...
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【转录组学】featureCounts软件中的length是怎样计算的？
分析过程 以rela基因为例，featureCounts结果文件“all.id.txt”中提供的信息为： 接下来用R语言进行分析:1. 提取featureCounts结果中的...
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TCGA学习03：生存分析TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02：差异分析 - 简书 [htt...
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TCGA-mRNA的生存分析引言：本文主要记录mRNA生存分析过程中遇到的问题以及具体过程，生存分析用的是最常见的KM法Kaplan-Meier。 工具：TCGA的数据通过library(TCGAbio...
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小弟读过两年书，尘世中一个迷途小书僮<br><br>欢迎访问: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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单细胞转录组及空间转录组学习资源
(1). 单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说[https://www.jianshu.com/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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R可视化重复测量的方差分析，自动两两比较参考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
