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单细胞ATAC数据的两种读取方式（下）
本期我们将来介绍如何使用Signac读入单细胞ATAC数据。Signac是由Seurat同一团队开发的用于分析单细胞染色质数据的R包，能够分析包...
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单细胞ATAC数据的两种读取方式（上）单细胞研究使我们能够了解细胞发育的分子过程和病理的发生机理。单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）通过分析单细胞水平的染色质可及性来定义...
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三种空间组学数据类型的读取你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，...
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识别239个灵长类基因组中的保守序列元件非编码DNA是理解人类基因调控和复杂疾病的核心，评估序列进化的保守性可以建立人类基因组中调控元件的功能相关性。阻碍对灵长类动物基因组元件识别的因...
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空间宏基因组学为宿主-微生物互作提供新思路空间转录组学技术的进步极大地提高了对真核基因在动植物组织中的表达机制的认识。空间变异在宿主-微生物相互作用中也很突出，然而，当前对微生物特性和宿...
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成年棘皮动物前后图式的分子证据位于后口动物进化基部的棘皮动物门是一个形态学上极为特殊的门类，它们在幼体时期身体呈两侧对称的形式，但成年后则转变为五辐射对称的身体形式，常见的海...
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《计算分子进化》练习题探讨-第1章
最近在学习杨子恒老师的《计算分子进化》，对于每一章后面的练习题，网上也未必找得到答案，故将自己的计算放到这里，如有同学共同探讨，则更加深进步。 ...
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PAML学习手册(3)3.数据格式 序列数据格式： PHYLIP格式 有限的支持NEXUS格式 PHYLIP格式详解： 第一行包含物种数和序列长度，对于密码子序列，序...
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PAML学习手册(2)
2. PAML的编译和运行 下载： PAML是一个交互式运行的程序。PAML可以从官方网站上下载，下载后需进行编译。 Windows 下载包中包...