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2.3 基于液滴的scRNA-seq数据的比对和定量2.3.1 一般注意事项单细胞RNA测序数据在许多方面与bulk RNA测序不同。大多数scRNA-seq技术生成的rea...

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2.1 参考基因组及其注释大多数scRNA-seq实验都是使用人类或小鼠组织、类器官或细胞培养物进行的。尽管这些基因组的初稿大约在20年前就已发布，但组装和注释的更新却相当频...

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1.4 转录本定量转录本定量有两种类型：全长和片段化。全长方法试图实现整个转录本的统一read覆盖，而片段化的方法仅捕获5’或3’端。量化方法的选择对于数据可用于哪些类型的分...

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最近发现了一门剑桥大学的单细胞RNA-seq分析课程，读过之后觉得讲得非常全面，将单细胞RNA-seq分析的前世今生讲得非常透彻，因此与大家共享。课程原链接：https://...

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我们额外选取了两个10x小鼠脑单细胞转录组数据集，来测试V4与V5在数据整合上的差异。 V4使用IntegrateData函数进行多样本的整合，整合前单样本的数据需要完成标准...

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本期我们将继续探究Seurat V4与V5的差异。接下来我们在两个版本中分别对数据进行标准化、降维、聚类等操作。使用SCTransform对单细胞数据进行标准化： 如果安装了...

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单细胞研究使我们能够了解细胞发育的分子过程和病理的发生机理。单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）通过分析单细胞水平的染色质可及性来定义转录和表观遗传变化。本文将为大...

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你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...

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非编码DNA是理解人类基因调控和复杂疾病的核心，评估序列进化的保守性可以建立人类基因组中调控元件的功能相关性。阻碍对灵长类动物基因组元件识别的因素包括：非编码DNA相对于蛋白...

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空间转录组学技术的进步极大地提高了对真核基因在动植物组织中的表达机制的认识。空间变异在宿主-微生物相互作用中也很突出，然而，当前对微生物特性和宿主反应的综合空间解析尚少，现有...

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位于后口动物进化基部的棘皮动物门是一个形态学上极为特殊的门类，它们在幼体时期身体呈两侧对称的形式，但成年后则转变为五辐射对称的身体形式，常见的海星、海胆等皆是如此。棘皮动物的...

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3.数据格式 序列数据格式： PHYLIP格式 有限的支持NEXUS格式 PHYLIP格式详解： 第一行包含物种数和序列长度，对于密码子序列，序列长度是核苷酸数量而不是密码子...