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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——3. 单细胞分析中的R/Bioconductor简介（1）
3.1 安装包3.1.1 CRANCRAN是最大的R包库。除了成功构建和安装之外，上传包的要求很少，因此文档和支持通常很少，而弄清楚如何使用这些...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——2. scRNA-Seq原始测序数据处理（2）2.3 基于液滴的scRNA-seq数据的比对和定量2.3.1 一般注意事项单细胞RNA测序数据在许多方面与bulk RNA测序不同。大多数sc...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——2. scRNA-Seq原始测序数据处理（1）2.1 参考基因组及其注释大多数scRNA-seq实验都是使用人类或小鼠组织、类器官或细胞培养物进行的。尽管这些基因组的初稿大约在20年前就已发...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——1. 单细胞RNA测序介绍（2）1.4 转录本定量转录本定量有两种类型：全长和片段化。全长方法试图实现整个转录本的统一read覆盖，而片段化的方法仅捕获5’或3’端。量化方法的...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——1. 单细胞RNA测序介绍（1）最近发现了一门剑桥大学的单细胞RNA-seq分析课程，读过之后觉得讲得非常全面，将单细胞RNA-seq分析的前世今生讲得非常透彻，因此与大家共享...
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Seurat V5更新了啥？（下）我们额外选取了两个10x小鼠脑单细胞转录组数据集，来测试V4与V5在数据整合上的差异。 V4使用IntegrateData函数进行多样本的整合，...
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Seurat V5更新了啥？（中）本期我们将继续探究Seurat V4与V5的差异。接下来我们在两个版本中分别对数据进行标准化、降维、聚类等操作。使用SCTransform对单细...
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Seurat V5更新了啥？（上）
Satijia实验室在2023年11月发布了Seurat软件的V5版本，作为目前使用最广泛的单细胞组学数据分析工具的一次重大版本更新，Seura...
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单细胞ATAC数据的两种读取方式（下）
本期我们将来介绍如何使用Signac读入单细胞ATAC数据。Signac是由Seurat同一团队开发的用于分析单细胞染色质数据的R包，能够分析包...