最近很多博主捅了这篇Nature文章的窝了，它的富集分析展示很好，我们这里也复现一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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复现Nature图表：分组富集分析条形图展示通路及基因 -
复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等如题，这个标题有点长，首先我们需要展示的图是bipartite plot，中文有叫二分图、连线图的，总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方有很多，不只是我们介绍的互作关...
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单细胞Seurat分析基本可视化实现python版Scanpy风格这个问题我们之前提到过，很多小伙伴可能看到某些文章中这样的可视化，很感兴趣，其实熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出图，虽然R也能实现这样的效果，但是自...
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一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
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R语言分析2-2：免疫浸润分析（ssGSEA）ssGSEA是一种常用于免疫细胞浸润分析的方法。该方法通过将每个样本的基因表达数据与特定的基因集（免疫细胞基因集）进行比较，来估计该基因集在该样本中的相对富集程度。 2. 使...
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分析总结----WGCNA（scWGCNA & hdWGNCA）在单细胞空间数据分析中的运用作者，Evil Genius 偷个懒，不看文章了，总结一下关于WGCNA的分析内容。 WGCNA运用很广，在文章中一般作为补充分析存在，例如下面的结果 还有单细胞空间联合的W...
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单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（二）接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以进行可视化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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简书笔记汇总
以下是我简书里所有的文章链接，按不同的专题分类，方便大家根据不同专题以及文章题目快速的查看所需内容。 持续更新中~ Linux学习笔记 《Linux命令行与shell脚本编程...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
