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    单细胞|GeneTrajectory·基因轨迹

    跑完了,记录一下,顺便写写我在使用中遇到的问题,欢迎讨论~声明:我是用自己数据跑的,因为还未发表所以就还是借用官网的图啦~ 1.准备 2.加载数...

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    单细胞|RNA速率下游 · Dynamo

    数据集:cellDancer文件 PancreaticEndocrinogenesis_cellDancer_estimation.csv[ht...

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    单细胞 | RNA速率 · cellDancer

    1.安装 2.准备数据,跟scVelo处理数据步骤相同,详见:单细胞 | RNA速率 · scVelo - 简书 (jianshu.com)[h...

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    单细胞 | RNA速率 · scVelo

    1.准备数据:从seurat对象中提取metadata(R中运行) 下面都在python中运行,根据一致的barcode,整合loom文件和me...

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    单细胞 | pySCENIC·转录因子分析(二)

    接上一篇,pySCENIC分析完之后就可以进行可视化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%...

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    单细胞 | pySCENIC·转录因子分析(一)

    SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering)是一种能够从单...

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    单细胞RNA速率提出

    研究背景:测序数据中存在未剪接mRNA 基于SMART-seq2、inDrop 和 10x Genomics Chromium的测序方案,发现 ...

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    单细胞RNA速率(一)| cellDancer

    cellDancer:一种基于模型的深度神经网络(DNN)框架 已知:mRNA的转录动力学由转录速率(α)、剪接速率(β)和降解速率(γ)决定,...

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    CytoTRACE | 推断拟时序起点

    R包下载网站:https://cytotrace.stanford.edu/CytoTRACE_0.3.3.tar.gz[https://cyt...