可爱的一只帆

跑完了，记录一下，顺便写写我在使用中遇到的问题，欢迎讨论～声明：我是用自己数据跑的，因为还未发表所以就还是借用官网的图啦～ 1.准备 2.加载数据集 3.基因间距离计算a.选...

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数据集：cellDancer文件 PancreaticEndocrinogenesis_cellDancer_estimation.csv[https://drive.goo...

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1.安装 2.准备数据，跟scVelo处理数据步骤相同，详见：单细胞 | RNA速率 · scVelo - 简书 (jianshu.com)[https://www.jian...

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1.准备数据：从seurat对象中提取metadata（R中运行） 下面都在python中运行，根据一致的barcode，整合loom文件和metadata： 2.运行RNA...

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接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以进行可视化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...

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SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（S...

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研究背景：测序数据中存在未剪接mRNA 基于SMART-seq2、inDrop 和 10x Genomics Chromium的测序方案，发现 15-25% 的Reads包含...

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cellDancer：一种基于模型的深度神经网络（DNN）框架 已知：mRNA的转录动力学由转录速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）决定，未剪接和剪接mRNA之间的平衡...

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R包下载网站：https://cytotrace.stanford.edu/CytoTRACE_0.3.3.tar.gz[https://cytotrace.stanford...

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数据准备 构建领域，对领域中的细胞计数d：用于KNN细化的降维数，类似于聚类降维时选择的dims。k：分布峰值在 50 到 100 之间，平均邻域大小超过 5 x N_sam...

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tradeSeq是一个可以沿着轨迹分析基因表达的R包，也可以用来分析特定pathway沿轨迹的表达，具体方法见后续分享。1.准备文件 2.拟合负二项式模型确定nknots，这...

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之前的文章写了Slingshot的简单用法，可以从整体看单细胞轨迹，但是不太容易看单个轨迹到底是哪些细胞群，实现方法：1.运行Slingshot 首先还是先运行slingsh...

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Milo是一个检测细胞分布在不同实验条件下差异的算法（ ）。 主要原理：先根据KNN方法进行细胞抽样，对抽样后的细胞用KNN找它的邻近细胞，图c里面每个圈代表一个抽样的细胞，...

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阅读Integrated multi-omic characterization of congenital heart disease这篇文章的时候发现一张图（图2d、2e...

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最近想使用文献中的数据集，发现每篇文献提供的数据格式都不太一样，创建seurat对象会遇到一些问题。以标准的输入文件为例，命名为barcodes.tsv.gz、feature...

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软件下载网址： 不需要设置阈值过滤基因，有助于我们从整体通路分析差异。 一. 数据准备 1.数据集（tpm_bulk.gct）：你需要分析的表达矩阵，建议bulk数据用tpm...

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安装 数据准备需要两个数据：LM22和你需要分析的表达矩阵，我的是bulkRNA的表达矩阵，tpm标准化后的。 运行 可视化 参考：

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一、数据集准备 参考数据集（reference ） 查询数据集（query ） 参考数据集和查询数据集整合之后的数据集（anchors） 建议数据集在使用前进行Normali...