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R语言小记3：ENSG和基因symbol间的名称转换0. 数据准备（加载自己需要转换的数据） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ꔷ 发现存在一个ENS...
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单细胞数据分析笔记6: 转录因子分析（SCENIC）转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与...
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单细胞小记2：将h5ad格式转化为seurat格式
h5ad 是用于存储单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 软件包。它基于 HDF5...
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单细胞小记1：将多个样本的表达矩阵，合并成seurat格式1. 数据准备 2. 数据整合
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全外显子组测序（WES）分析4-1: 识别驱动基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一组最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌症和体细胞进化中的选择。该包包含量化错义、无义和必需剪接突变的 dN/dS ...
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单细胞数据分析笔记5: 拟时序分析（monocle2)拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可...
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全外显子组测序（WES）分析3: 变异功能注释（SnpEff / VEP ）1. 使用注释 VCF 文件 1.1 下载和安装 SnpEff 1.2 下载参考基因组数据库 手动下载（选择符合自己需要的物种及版本）：http...
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全外显子组测序（WES）分析2: SigProfiler（突变特征分析）SigProfiler 提供一套全面、集成的生物信息学工具，用于执行突变特征分析。该软件涵盖了从生成突变矩阵到特征提取的整个分析生命周期，以及绘...
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全外显子组测序（WES）分析1: GATK4变异检测（bwa+samtools+sambamba+GATK）1. 全外显子组测序技术简介 全外显子组测序（whole exome sequencing，WES）是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DN...