步骤1：数据质控： fastp代码如下，保存为fastp.sh 执行fastp命令，批量处理fastq文件 步骤2：call SNP，使用GATK的流程genome文件构建索...
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2024-06-20 QTL-seq从原始数据开始的流程
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2024-03-02从gff文件中获取多区域基因ID
注意，region.xls和 final_sorted_with_promoter.change.gene文件均为bed格式。bed格式前3列为必须有的，分别为染色体，起始位...
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2023-10-20寻找文件并压缩
将当前目录下大于200Mb，且没有压缩的文件均压缩 这个命令使用find命令来查找当前目录下大于200MB且不以".gz"结尾的文件。然后使用-exec选项将找到的文件传递给...
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2023-02-20更改vcf.gz 格式文件名称
如果你想替换特定的样本名称，你可以创建一个包含旧名称和新名称的文件，然后使用bcftools reheader命令进行替换。这个文件的格式应该是每行一个旧名称和一个新名称，中...
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二代群体遗传与重测序（中）二.变异结果注释与统计 书接上回https://www.jianshu.com/p/ab6a35502786[https://www.jianshu.com/p/ab6a35...
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Cytoscape绘制相关网络图导读 用R软件corr.test函数进行两组数组的相关性分析，用Cytoscape绘制相关网络图。 一、输入数据 代谢数据：metabo.txt 16S数据：genus.tx...
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annovar注释除人类以外SNP
快速注释已经得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 简单流程 1.建立一文件夹 2. gff3文件转变格式 gff3ToGenePred...
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2023-02-21 安装agricolae报错 non-zero exit status
安装 R 包agricolae报错：installation of package ‘agricolae’ had non-zero exit status 往上查看时 发现...
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2023-02-20 SnpSift 安装及使用
SnpSift 可以分割染色体，截取部分vcf文件。具体使用方法见：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details...
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您好 PCA.R 程序哪里有呢？谢谢。是自己写的吗？
重测序分析（10）群体进化分析之PCA分析
PCA PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。首先利用线性变换，将数...
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理解OPLS-DA分析的原理和结果图OPLS-DA：正交篇最小二乘法判别分析 原理： OPLS-DA不同于PCA，它是一种有监督的判别分析统计方法。运用偏最小二乘回归建立代谢物表达量与样本类别之间的关系模型，来...
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GATK流程生成多态性的 SNP/InDel
目的：提取群体中多态性较好的SNP和InDel。将GVCF文件进行合并，并提取SNP和InDel，然后使用vcftools获得在群体中多态性较好的SNP和InDel。 第一步...
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2022-06-21EXCEL批量转pdf
import osimport xlwings as xw def excel2pdf(file):app = xw.App(visible=True,add_book=Fa...
