发简信
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QTL上位性分析：QTLNetwork2.0官网：http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.htm...
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QTL定位：MapQTL6MapQTL是一款用于分析二倍体物种实验群体中数量性状位点(QTL)的Windows计算机程序，对于用户比较友好，更加便于使用。通过QTL分析，...
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QTL定位：Rqtl2输入文件
Rqtl2是Rqtl的加强更新版，可以更好地处理高维数据和复杂的群体设计，对于图形输出也有了较强的改善。 0.功能概述 Rqtl2所有功能的简单...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往...
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ggplot2绘制棒棒糖图——Lollipop chart棒棒糖图，就是长得像棒棒糖一样的图（一句废话），和柱形图，散点图想要表达的意思是一致的，不过展示会更加好看一点，是点图geom_point()和...
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vcf文件提取SNP位点
测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法 - ...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一...
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UPGMA法聚类分析——NTsys2.10eNTsys是一款强大的统计分析软件，具有多个统计模型组件，在植物多样性分析中经常会用到。其中最主要的模块是聚类分析，常用的方法有UPGMA、CL...