MapQTL是一款用于分析二倍体物种实验群体中数量性状位点(QTL)的Windows计算机程序，对于用户比较友好，更加便于使用。通过QTL分析，可以检测基因组上负责所研究数量性状表型变异的区域，估计相关的基因型效应，并以表格和(可调的)图表的形式呈现分析结果。
官网：https://www.kyazma.nl/index.php/MapQTL/
MapQTL支持的群体类型非常多，包括：BC1，F2，RIL，DH，CP，BCpxFy，IMxFy，DH2等。分析方法包含IM，MQM（=CIM）等，可以根据自己的数据需求进行选择。
没有付费的版本只可以分析两个连锁群、两个性状，也不可以导出结果，不可以复制。
1.准备输入数据
在官方的安装包里，提供了各种群体的输入文件示例，本篇文章以CP群体为例。必要的数据文件有三个，标记数据（.loc），图谱（.map）和表型（.qua）。MapQTL和joinmap是同一家开发的，文件格式通用，可以直接将joinmap中的.loc和.map带入到软件中进行计算，省去了输入文件整理的繁琐。
1.1标记数据
前四行为数据的整体介绍，“=”前是固定内容，后为自己填写的内容。正文每一行为一个标记，每一列为一个个体。
1.2图谱.map
.map文件中为连锁群划分的信息，按连锁群排列，第一列为标记，第二列为position。标记顺序要与.loc中一致。
1.3表型.qua
前三行为基本介绍，同.loc，个体数目，表型数目，缺失值表示方法，每一列为一个表型，trait_1，trait_2，trait_3……，样本的顺序要与.loc一致。
要注意.loc和.qua中的个体排列顺序要一致，文件名前缀要一致，否则会报错。
2.导入输入数据
也不知道最多能导入多少标记，我自己的数据1w多标记，在导入最后一步.map的时候软件会崩，所以最后把标记分成了两部分，分开来跑。
①新建项目：File——New Project
②导入标记：File——Load Data，选择.loc文件
③导入表型数据：再次File——Load Data，选择.qua文件
④导入图谱数据：第三次File——Load Data，选择.map文件
导入成功后，可以看到所有文件的基本信息：
3.QTL定位
①右键点击Populations下的性状，选择分析所有性状，此时性状下会有红色高亮。
②鼠标右键单机Maps下的连锁群信息，选中后红色高亮
③菜单下选择QTL定位方法，此处以MQM为例
④在工具栏中单击计算按钮，进行QTL定位
4.结果导出
运算完成后，点击左侧性状名称，在右侧Results下可以查看定位结果，包括连锁群、位置、标记名称、LOD值、贡献率等。点击LOD可进行升序或降序的排列，从而筛选QTL。
付费版可直接将结果导出，工具栏，导出按钮。
结果生成的图形，也可以直接进行查看，勾选想要看到的信息，然后再Charts中查看图形。
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