如果分子标记覆盖整个基因组，当标记与控制特定性状基因连锁时，不同标记基因型的表型值存在显著差异，通过数量性状观测值与标记间的关联分析，就可以确定控制各数量性状基因在染色体上的位置、效应及其遗传学效应，这就是QTL定位。
QTL是一个统计参数，代表染色体（或连锁群）上影响数量性状表现的某个区段，这个区段内可能会有一个甚至多个基因。QTL定位实质上是基于特定模型的遗传假设。
1. QTL定位原理和步骤
QTL定位一般要经过分离世代群体建立、遗传标记检测、数量性状测定和统计分析等环节。其中，分析标记基因型和数量性状值之间是否存在关联，发现QTL并准确估计QTL的遗传效应，是QTL定位的关键。
（1）分离世代群体的建立
适于QTL定位的分离世代群体应该是待测数量性状存在广泛变异，这样的世代群体一般是由亲缘关系较远的亲本间杂交，再经自交、回交等方法进行人工构建。分离世代群体一般分为三大类。一类是暂时性群体，包括BC和F2群体。另一类是永久性群体，包括有F1连续多代自交产生的重组自交系（Recombinant inbred line, RIL）,单倍体加倍的双单倍体（doubled haploid，DH）群体和通过F1高代回交，再对供体亲本染色体进行标记得到的染色体转换系（chromosome segment substitution line，CSSL）群体。第三类是自然群体。对于性周期长的高大林木，也可用自然群体并借助系谱信息的QTL作图，又称关联作图（association mapping），关联作图利用核心家系中的连锁不平衡进行QTL定位，但效率不及暂时群体和永久群体有效。
（2）遗传标记的检测
理想的定位遗传标记应该数量丰富，以保证足够的标记覆盖整个基因；多态性好，以保证个体或亲子代间有不同的基因组合；中性，涉及某一标记位点的各种基因组合都有相同的适应性，以避免不同基因型间的生存能力差异引起的实验误差；共显性，以保证直接区分同一基因位点上的各种基因型等特征。
（3）数量性状值的测定及统计分析
对分离世代群体的同一样本中每株个体进行遗传标记检测同时，测定其数量性状表型值，并将每株个体的数量性状表型值和分子标记基因型值按顺序列表，形成分析所需的基本数据。
