Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达...
IP属地：山西
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差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value) -
R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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2022-11-08 ConsensusClusterPlus 包进行一致性聚类Consensus Clustering 是一种可用于鉴定数据集（比如 microarray 基因表达）中的簇集 (clusters) 成员及其数量的算法。说人话就是一致性聚...
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2021-02-14 ascp下载ENA数据库文件因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的，所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。目前好像无法由于存储位置的改变，无法直接用ASCP下载SRA数据库，因此直接...
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生信 | iSeq超便捷！快速下载GSA/SRA/ENA的数据以及metadata信息一、写在前面 最近在下载GSA数据的时候发现一个小工具iSeq，简直太好用了，分享给大家！iSeq的GitHub链接：https://github.com/BioOmics/...
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使用aspera从ENA下载fastq数据挑选需要的数据GSE102113数据集的一部分（其中9个样本）：图片.png页面下方找到SRA的编号和BioProject的编号，后面都会用到图片.png点进SRA数据页面，...
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判断GEO芯片数据表达矩阵是否需要log2转换通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方法就是，根据数值大小粗略估计：如果表达量的数值在50以内，通...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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解忧小工具｜顶级期刊中单细胞的配色方案（带色号）单细胞技术作为今年来的热门技术，被迅速应用到肿瘤、免疫、发育和神经科学等众多领域，成为发表高分文章的利器。通过单细胞测序可以有效地对每个细胞中表达的遗传物质进行测序分析，其结...
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单细胞celltype颜色、顺序设置今天我们这一期要说的内容其实很简单，之前我们在写其他内容的时候或多或少的提到过，但是奈何问的人实在很多，次数也很多，所以索性这里出个帖子，将这个问题直接综合起来讲一下。这个内...
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Seurat重要命令汇总
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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linux |nohup运行R脚本
学习自如何在linux中后台运行R[https://blog.csdn.net/zsbo2015/article/details/111477257]; Linux nohu...
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【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题前面小编给大家详细介绍过 ☞GO简介及GO富集结果解读[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%...
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单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
