主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
IP属地：重庆
-
单细胞测序——髓系细胞注释marker -
神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
-
EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
-
Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
-
使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
-
CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
-
解忧小工具｜顶级期刊中单细胞的配色方案（带色号）单细胞技术作为今年来的热门技术，被迅速应用到肿瘤、免疫、发育和神经科学等众多领域，成为发表高分文章的利器。通过单细胞测序可以有效地对每个细胞中表达的遗传物质进行测序分析，其结...
-
单细胞celltype颜色、顺序设置今天我们这一期要说的内容其实很简单，之前我们在写其他内容的时候或多或少的提到过，但是奈何问的人实在很多，次数也很多，所以索性这里出个帖子，将这个问题直接综合起来讲一下。这个内...
-
Seurat重要命令汇总
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
-
linux |nohup运行R脚本
学习自如何在linux中后台运行R[https://blog.csdn.net/zsbo2015/article/details/111477257]; Linux nohu...
-
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题前面小编给大家详细介绍过 ☞GO简介及GO富集结果解读[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%...
-
单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
-
scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
-
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
-
DoHeatmap画热图时应该注意的点日常瞎掰 通过标题大家已经知道今天我们分享的主要内容了。DoHeatmap这个函数来自于Seurat包，处理过单细胞的人应该都知道这个函数就是用来画每个cluster的m...
-
[单细胞数据]-肝癌
探序基因肿瘤研究院整理 肝癌研究类文章： Cell，2019，Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatoc...
-
-
单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示
单基因泛癌表达箱线图是泛癌分析文章必不可少的一个图，配对箱线图在很多文章中也有出现。本文讲解如何实现单个基因在泛癌表达箱线图和配对箱线图展示。先上效果图： 1. 单基因泛癌表...
-
RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
-
解忧小工具 | 人类蛋白质图谱（HPA）数据库，给你的SCI文章加点料！Human Protein Atlas（简称HPA）数据库（https://www.proteinatlas.org/），2003年由瑞典 Knut & Alice Wall...
