发简信
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批量下载TCGA所有数据这是UCSC xena 页面 https://xenabrowser.net/datapages/[https://xenabrowser....
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多种方法实现基因ID SYMBOL 与 ENTREZID转换方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SY...
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featureCounts 得到的counts计算 cpm、 tpm、FPKM
一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到的上游软件就是featureCounts和...
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Dapars2 分析可变多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）与肿瘤
越来越懒了，不想写记录呀！算了，强迫自己一把！ 水平有限，若有错误，恳请指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工过程...
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RNA-seq 数据分析最佳实战（综述）一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个流程选择上的差异。已经开始学习...
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RNA sequencing: the teenage years（中篇）
前言 这一部分主要涉及常规RNA-seq的数据分析，提到了常见的数据分析流程。 RNA-seq数据分析 用于分析测序读长以确定差异表达的计算方法...
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RNA sequencing: the teenage years（下篇）
前言 这一部分的内容主要涉及单细胞测序，空间转录组，新生RNA测序，翻译组，RNA-RNA之间相互作用，RNA-蛋白质相互作用以及未来展望。 常...
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RNA sequencing: the teenage years（上篇）
《RNA sequencing: the teenage years》这篇综述翻译了一下，全篇汉字大约是3万字，比较长，为了方便阅读，把它拆成3...
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RNA-seq转录组名词解释基础
2019年7月24日，Nature Reviews Genetics上发表了一篇了RNA-seq的综述，文献信息如下所示： Stark, R.,...