目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版) -
RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjunc软件一样同属subread包...
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sam文件转换为bam文件——SAMtools在转录组数据与参考基因组进行比对后，得到sam文件，后续分析需要将sam转换为bam，这里用到的工具是SAMtools。 序列比对 —— Hisat2 - 简书 (jians...
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SAMtools——bam文件排序
bam文件在进行后续分析前，需要进行排序，samtools的安装见文章：sam文件转换为bam文件——SAMtools - 简书 (jianshu.com)[https://...
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测序数据质控和预处理之fastp
1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
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差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value)Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达...
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R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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2022-11-08 ConsensusClusterPlus 包进行一致性聚类Consensus Clustering 是一种可用于鉴定数据集（比如 microarray 基因表达）中的簇集 (clusters) 成员及其数量的算法。说人话就是一致性聚...
