1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理,以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次,就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理,以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次,就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG):差异表达...
一致性聚类是一种提供定量证据的方法,用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量,例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
Consensus Clustering 是一种可用于鉴定数据集(比如 microarray 基因表达)中的簇集 (clusters) 成员及其数量的算法。说人话就是一致性聚...
因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的,所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。目前好像无法由于存储位置的改变,无法直接用ASCP下载SRA数据库,因此直接...
一、写在前面 最近在下载GSA数据的时候发现一个小工具iSeq,简直太好用了,分享给大家!iSeq的GitHub链接:https://github.com/BioOmics/...
挑选需要的数据GSE102113数据集的一部分(其中9个样本):图片.png页面下方找到SRA的编号和BioProject的编号,后面都会用到图片.png点进SRA数据页面,...
通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方法就是,根据数值大小粗略估计:如果表达量的数值在50以内,通...
主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞,单核细胞,DC细胞 文献一:Single-cell landscape of the ecosystem in early...