官网:http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjunc软件一样同属subread包...
官网:http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjunc软件一样同属subread包...
在转录组数据与参考基因组进行比对后,得到sam文件,后续分析需要将sam转换为bam,这里用到的工具是SAMtools。 序列比对 —— Hisat2 - 简书 (jians...
bam文件在进行后续分析前,需要进行排序,samtools的安装见文章:sam文件转换为bam文件——SAMtools - 简书 (jianshu.com)[https://...
使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令
1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理,以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次,就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG):差异表达...
一致性聚类是一种提供定量证据的方法,用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量,例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
Consensus Clustering 是一种可用于鉴定数据集(比如 microarray 基因表达)中的簇集 (clusters) 成员及其数量的算法。说人话就是一致性聚...
因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的,所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。目前好像无法由于存储位置的改变,无法直接用ASCP下载SRA数据库,因此直接...