本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题，在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染，例如，我想测序拟南芥，其中由于实验员的操作不够干净，很容易引入一些...
IP属地：江苏
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如何处理NGS数据中的污染？
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分享一个鉴定同源lncRNA基因的方法
文章链接为：《Computational prediction and experimentalvalidation identify functionally conser...
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R数据分组且合并重复的列
在用R语言做数据处理时，通常使用的数据类型是数据框（可类比于excel表格，这样脑海中会有一个直观的印象）。那么数据清理过程中就会需要做各种变化和统计，比如按某些变量来分组并...
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2023-09-21 PSMC可以评估有效群体大小的原因
介绍这个软件的概念前，我需要先解释一个概念最近共同祖先时间（the time since the most recent common ancestor，TMRCA）。当我们...
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跟着Nature Ecology&Evolution学作图:R语言ggmsa包展示多序列比对结果论文 https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability[https://www.nat...
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可视化系列【六】：跟着Nature Communications学画图：棒棒糖图不积跬步，无以至千里 本期我们尝试复现2023年7月7日发表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
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线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）
之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据，因为叶绿体和线粒体是多拷贝的，...
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一条小咸鱼
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学做NAR图表：ggraph做网络图最近在NAR上看到一篇文章： 原文网络图如下： 我们借此机会，通过ggraph作图解析相关参数。详细注释代码和参数已上传QQ群文件！我做的图如下，有一点问题，但不影响我们对这...
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复现NC文章华夫图(方块图)-华丽展示实验样本构成样本构成是实验的开端，也是后续分析的基础，所以样本信息在论文中需要详细展示，涉及到你实验的真实性和可重复性。一般样本构成可以使用AI做示例图，有些临床采样，可以使用柱状体的方...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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跟着Nature学作图：R语言ggtree给进化树的节点添加饼状图论文 Galeaspid anatomy and the origin of vertebrate paired appendages https://www.nature....
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日常搬砖
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单拷贝直系同源基因构建物种进化树最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师...
