论文
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability
论文没有权限下载
但是查看数据代码链接的时候发现github主页上提供了论文的下载链接
论文中的图做的都非常好看，而且提供数据和代码，我们可以找来学习
数据代码链接
https://github.com/sebepedroslab/chromatin-evolution-analysis
今天的推文我们学习一下论文中提供的画多序列比对的代码。我没有在论文中找到对应的图，只是github的链接里有数据和代码
论文中国提供的代码
library(stringr)
library(seqinr)
library(msa)
library(Biostrings)
list_ali = list(
"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-MXKK.g.fasta",
"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-mcl1.g.fasta",
"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-mcl2.g.fasta",
"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-mcl4.g.fasta"
)
for (i in 1:length(list_ali)) {
fai = list_ali[[i]]
ali = Biostrings::readAAMultipleAlignment(fai, format = "fasta")
# plot alignment
msa::msaPrettyPrint(
ali, askForOverwrite=FALSE,
shadingMode = "functional",
shadingModeArg = "chemical",
showConsensus = "none",
showLogo = "none",
shadingColors = "blues",
logoColors = "chemical",
psFonts = TRUE,
paperWidth = 32, paperHeight = 10,
output = "pdf",
file = sprintf("%s.colour.pdf",basename(fai)))
}
这里作图用到的是msa这个R包
读取多序列比对的数据使用的是Biostrings这个R包
上面的代码是写了一个简单的循环，做了四个数据的图，我试着做其中一个图，但是遇到了报错
Error in texi2dvi(texfile, quiet = !verbose, pdf = identical(output, "pdf"), :
unable to run pdflatex on 'tails_archaea-sub-MXKK.g.fasta.colour.tex'
LaTeX errors:
! Paragraph ended before \inf@@get was complete.
<to be read again>
\par
l.26 ...cal/Temp/RtmpagEAWD/seq397c6ecb2093.fasta}
! Misplaced alignment tab character &.
\msfline ->\par &
& & & @
l.26 ...cal/Temp/RtmpagEAWD/seq397c6ecb2093.fasta}
! Misplaced alignment tab character &.
\msfline ->\par & &
& & @
l.26 ...cal/Temp/RtmpagEAWD/seq397c6ecb2093.fasta}
! Misplaced alignment tab character &.
\msfline ->\par & & &
& @
l.26 ...cal/Temp/RtmpagEAWD/seq397c6ecb2093.fasta}
搞不懂是什么原因
R语言里做多序列比对的图还有更好的选择使用 ggmsa 这个R包
安装
devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa")
这里R语言必须是4.1以上的
输入数据是比对好的fasta文件的路径
作图代码
library(ggmsa)
fai<-"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-MXKK.g.fasta"
pdf(file = "aligned_fasta.pdf",width = 9.4,height = 4)
ggmsa(fai)+
geom_seqlogo() + geom_msaBar()
dev.off()
image.png
这个我认为比论文中提供的代码出图要好看的多
这个是论文中的代码出的图
示例数据和代码可以在公众号后台回复20220620获取
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