@人生海海_1435 avg_logFC这个是你使用Seurat产生，seurat包不同版本这个可能有一些变化，你可以查看一下
单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
IP属地：广东
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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@初然如墨 检查一下参数，应该还是参数出了问题
单细胞辅助注释工具-SingleR
很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marker，人为对单细胞进行注释。单细胞真的可以实现自动化注释吗？我...
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单细胞辅助注释工具-SingleR很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marker，人为对单细胞进行注释。单细胞真的可以实现自动化注释吗？我...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞空间转录分析之Scanpy-多样本整合和Seurat一样，Scanpy也提供了多样本空转数据的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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单细胞空间转录分析之Seurat-多样本整合（浅谈空间批次）单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多张切片（slices）整合分析(Merge合并) 单细胞空间...
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@elaine0622 这个是可以兼容的，seurat支持loom格式，loom格式可以在scanpy读取，简书上有很多讲了这个转换
单细胞转录组之Scanpy - 轨迹推断/拟时序分析
什么是拟时序分析？拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我...
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单细胞空间转录分析之Scanpy将空间位置信息和转录组分析相结合，对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用，组织微环境，神经和发育等领域，有着令人期待的应用前景。 单细胞的一切分析，加前缀Spatial 都是一个新...
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单细胞空间转录分析之Seurat将空间位置信息和转录组分析相结合，对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用，组织微环境，神经和发育等领域，有着令人期待的应用前景。 而作为单细胞转录组必备R包Seurat,与时俱进，...
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单细胞转录组之Scanpy - 样本整合分析处理单细胞不可避免的一个问题就是样本整合问题。那如何将不同器官，不同测序平台，不同物种之间的单细胞数据进行整合分析呢？Scanpy使用python语言构建了一套完整的单细胞分...
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单细胞转录组之Scanpy - 轨迹推断/拟时序分析什么是拟时序分析？拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我...
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单细胞转录数据分析之ScanpyScanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。https://genomebiology.biom...
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空间转录组结合单细胞转录组分析（hot）追热点，好吗？当然好，只要有足够的基金，热点还是比较容易发大文章的，但是需要注意，测序前还是应该有合理，目的明确的课题设计！（目前空间转录组测序就一个字贵!贵!贵!） Nat...
