单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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单细胞辅助注释工具-SingleR很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marker，人为对单细胞进行注释。单细胞真的可以实现自动化注释吗？我...
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单细胞空间转录分析之Scanpy-多样本整合和Seurat一样，Scanpy也提供了多样本空转数据的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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单细胞空间转录分析之Seurat-多样本整合（浅谈空间批次）单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多张切片（slices）整合分析(Merge合并) 单细胞空间...
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单细胞转录组之Scanpy - 轨迹推断/拟时序分析什么是拟时序分析？拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我...
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单细胞空间转录分析之Seurat将空间位置信息和转录组分析相结合，对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用，组织微环境，神经和发育等领域，有着令人期待的应用前景。 而作为单细胞转录组必备R包Seurat,与时俱进，...
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单细胞空间转录分析之Scanpy将空间位置信息和转录组分析相结合，对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用，组织微环境，神经和发育等领域，有着令人期待的应用前景。 单细胞的一切分析，加前缀Spatial 都是一个新...