重头跟这里,没有看见你什么建立group分组?怎么样建立group分组,谢谢
跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化接着单细胞下游分析: 从Cell学单细胞转录组分析(一):开端!!![http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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@Danny_1f84 优秀
TCGA学习03:生存分析TCGA学习01:数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02:差异分析 - 简书 [htt...
解决了吗?
TCGA学习03:生存分析TCGA学习01:数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02:差异分析 - 简书 [htt...
这代码运行报错。
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = puried_data,
geneInfo = geneInfo,
method = "gcContent")
Step 1 of 4: newSeqExpressionSet ...
Step 2 of 4: withinLaneNormalization ...
Error in names(y) <- 1:length(y) :
'names'属性的长度[2]必需和矢量的长度[0]一样
如何解决?求教,谢谢。
TCGA 01 TCGAbiolinks下载转录组数据差异分析1. 准备 安装和导入TCGAbiolinks包 查看各个癌种的项目id,总共有65个ID值 查看project中有哪些数据类型,如查询"TCGA-LUAD",有7种数据类型...
第九步:
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = puried_data,
geneInfo = geneInfo,
method = "gcContent")
I Need about 0 seconds for this Complete Normalization Upper Quantile [Processing 80k elements /s]
Step 1 of 4: newSeqExpressionSet ...
Step 2 of 4: withinLaneNormalization ...
Error in names(y) <- 1:length(y) :
'names'属性的长度[2]必需和矢量的长度[0]一样
如何解决?求教,谢谢
TCGAbiolinks全解析部分一 第一步、数据下载阶段 第二步:GDCdownload()下载GDCquery()得到的结果 第三步、数据处理 第四步:TCGAanalyze_Preprocessin...
GSEA分析fgsea包中,运行cluster.genes<- markers %>% arrange(desc(avg_logFC)) %>% dplyr::select(genes,avg_logFC) #基因按logFC排序,这个代码 报错
Error in `arrange()`:
! Problem with the implicit `transmute()` step.
x Problem while computing `..1 = avg_logFC`.
Caused by error:
! object 'avg_logFC' not found
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
是原因,怎么样可以解决。谢谢
单细胞转录组功能分析(超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析)单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异,因此,功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多,这儿我们主要讲述3种功能分...
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2:批量...