本文大部分内容来源于网络，写此文章仅是为了自己后面查找方便，如有侵权，联系删除。参考来自于：自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析 - 简书 ...
IP属地：河南
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根据Eggnog注释信息构建orgDb数据库并进行GO、KEGG分析
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使用egg-nog进行非模式生物的基因注释——以昆虫为例
为什么写这个文章，其实是自己在安装和运行的过程中遇到了两个关于软件安装版本的问题，和一个路径问题（1）软件安装的版本不是最新的。（2）安装上新版本了，但是内部涵盖的软件本身的...
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PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop<br>
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用hifiasm组装基因组
hifiasm大概是目前为止支持PacBio HiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primary assembly result，还能分别组装出单倍体...
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如何用一行 CSS 实现 10 种现代布局现代 CSS 布局使开发人员只需按几下键就可以编写十分有意义且强大的样式规则。上面的讨论和接下来的帖文研究了 10 种强大的 CSS 布局，它们实现了一些非凡的工作。 01....
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跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2双Y轴折线图论文 Large variation in the association between seasonal antibiotic use and resistance ac...
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从零开始的基因组分析自学（七）-基因组质量评估
#quality assessment (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzkyNjMzNTgx...
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blobtools鉴定转录组污染来源方法参考De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa ...
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snpEFF的使用
0.关于snpEff，建议大家去官网[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者。逝者已去，深切缅怀。同时看下官方文档[ht...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单...
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小麦BSRseq一 ：hisat2流程 HISAT2安装及使用[https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52527205] hisat2...
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文献解读：两条件时间序列转录组的基因共表达网络文献 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型原网址：https://cloud.tencent.com/developer/article/1626413 对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列...
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一套比较简便的基因组组装流程V2.0
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术，新方法出来了，有更好的的方法...
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Nanopore测序笔记
原理：基于不同建立经过纳米孔时，电流信号的差异典型应用： 读长比较长，利于拼接 解决动植物多倍体高重复、高杂合的特性 也适用于细菌拼接 对RNA直接测序，无需反转录，直接识别...
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2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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【Jellyfish和KMC，我应该选谁？】
比较软件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用数据：大肠杆菌基因组 但是histo文件似乎有一些不一样。 1、jellyfish的Kmer频数统计 2、...