IP属地：河南
-
-
比较转录组分析工具：TO-GCN
https://www.pnas.org/content/116/8/3091#sec-1[https://www.pnas.org/content/116/8/3091#s...
-
知识分享| 转录组个性化分析(1)——时序分析近年来，随着测序成本的不断降低，转录组测序已经成为解析基因组的功能成分、揭示细胞和组织的分子成分以及理解发育和疾病必不可少的技术手段，已广泛应用于基础研究、临床诊断等领...
-
转录组测序数据分析的基础和进阶
转录组测序数据的基础分析通常包括以下几个主要步骤： 质量控制（Quality Control）：对原始测序数据进行质量评估，检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等，确保...
-
使用ImpluseDE2处理转录组时间序列数据
ImpulseDE2 是一个处理时序数据的R包，用于查找时序数据的差异基因，它可以用来解决两类问题。 Case-only differential expression an...
-
maSigPro 处理时间序列转录组数据时间序列研究的是基因表达的动态行为，测量的是一系列和时间点之间有强烈相关性的过程。和针对某一时间点的基因表达进行差异分析不同，时间序列更加关注是发现基因表达的趋势，以有助于理...
-
生信分析：两条件时间序列转录组的基因共表达网络前一篇推送为大家解读了2019年发表的PNAS文章，介绍了如何利用两组时间序列转录组数据构建特定的基因共表达网络以及利用这个网络可以得到哪些信息。 这一期推送聚焦于具体的分析...
-
-
使用mfuzz进行时间序列转录组数据聚类，划分相似表达模式基因群导读： 针对具有时间序列（例如0h、4h、8h、12h）或不同发育阶段（例如4cell、8cell、64cell）的转录组数据，mfuzz基于模糊聚类原理，识别出具有相似表达...
-
使用Misa结合Primer3来批量设计SSR引物
一、何为 SSR ? SSR ( simple sequence repeats ) 即简单重复序列，也称为微卫星 DNA(microsatellite DNA )，在真核生...
-
SSRminer | 微卫星分子标记开发，我64秒搞定~写在前面 如果说在湿实验的主要研究方向上，我还有没太接触的，那么就是“跑大版胶”，开发分子标记。于是，这一块相关功能，我并没有太多想法开发。只是最近开始接触一些群体遗传相关教...
-
RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查本节概览：数据预处理, 进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust 图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图...
-
中科院研究生在读，努力学习中
-
数据库分享 | AMIR: 菊科植物最新遗传育种多组学数据库前言 作为最大的双子叶植物科，菊科包含各种经济作物、观赏植物和许多药用植物。基因组学和转录组学的进步彻底改变了菊科物种的研究，产生了大量的组学数据，需要一个高效的数据整合和分...
-
SSR (misa + primer3 ) 设计SSR引物
先下载 primer3 和 misa 相关文件 misa 相关文件放在百度云链接：https://pan.baidu.com/s/1C4eU30yyLr7iNGiuGEmPt...
-
mmseq2序列聚类
文章标题：MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive d...
-
上游分析学习笔记
RNA-seq数据分析 我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测...
-
Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源，是指不同物种之间的基因，起源于共同的祖先，基因功能可能一样，但又因为进化的关系，使得功能有...
-
宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新Logs 增加R包pctax内的一些帮助上游分析的小脚本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚类的速度非常快，且随序列量线性增长（2024.03.12...
-
Metagenomic workflow 宏基因组分析流程更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
