SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
IP属地：河南
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SV 合并软件 SURVIVOR
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「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件
最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...
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基因组组装之Verkko，实现T2T级别组装（可与hifiasm一较高下）Verkko是一个用于实现端粒到端粒（telomere to telomere, T2T）基因组组装的新工具。 Rautiainen, M., Nurk, S., Walen...
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cuteSV鉴定SV
一款用于鉴定三代长reads（HiFi, ONT, CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv, svim, sniffles。 安装 简单使用 当然，对于不同类型的l...
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De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后续测三代数据的时候，确定大概需...
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Minimap2（2.20）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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跟着Nature Communications学数据分析：基因组水平的比对鉴定结构变异论文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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Svim 基于long reads鉴定SV
SVIM 可基于long reads（pacbio， ONT，HIFI）进行call SV，deletion, insertion, inversion, tandem du...
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SVIM-asm 基因组水平鉴定SVgithub：https://github.com/eldariont/svim-asm[https://github.com/eldariont/svim-asm] ref...
