Hifiasm Parameter Reference 概要 仅使用 HiFi reads进行组装 三重组分分选（先用yak） Hi-C集成组件 获取选项的详细说明 常规选项...
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Hifiasm参数的详细解释
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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基因组survey背景 基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序...
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解读基因组Survey的k-mer分析曲线我的博客主页https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://wordpress.c...
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nanopore的一些常见工具
软件名功能官方网址biocondabioconda商店http://bioconda.github.io/[http://bioconda.github.io/]sratoo...
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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
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文献速递 | Pacbio全长转录组在农学植物研究中的应用Pacbio全长转录组测序可以检测到完整的全长转录本信息，避免了拼接带来的错配，以及能检测到更丰富的转录本亚型类型；同时PacBio转录组测序和Illumina二代测序结合使...
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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant[https://www.nature.com/articles/s41587-022-...
