IP属地：北京
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R学习笔记1 | 初步认识R虽然前期陆陆续续间断学习用过R，当时感觉自己现在每次用R又要花很多时间重新理解R的语言逻辑，所以想系统学习下R语言，主要记录下自己的R的学习过程...
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性染色体的鉴定（GATK4）写在前面 性别被称为“进化生物学问题的皇后”，一直是生命科学领域中最具吸引力和最热门研究方向之一。而有性生物其性染色体的解析是性别研究的基础，这...
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De novo组装#08 | 基因组组装评估写在前面 基因组组装完成后，我们需要对我们组装好的基因组进行一个质量评估，质量评估主要从连续性（continuity），完整性（complete...
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De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna）写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别...
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De novo组装#06 | Scaffolding和gap filling
基于三代测序reads进行Scaffold构建以及补洞gap filling，我这里只有一种三代测序数据CLR，这里就先不做了，而且我看文章做这...
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De novo组装#05 | 基因组纠错polish（racon+pilon, nextpolish）写在前面 在进行染色体挂载之前一般对得到的 "primary assembly"（主要组装/初始组装结果）进行进一步的优化，以减少错误，提高基因...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深...
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De novo组装#03 | 基因组拼接（flye, wtdbg2, mecat2, canu）写在前面 前面两篇文章De novo组装#01 | 测序数据质控（fasqc+fastp）[https://www.jianshu.com/p/...
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De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后...