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admixture 群体结构分析 -
利用QTL-seq软件进行BSA定位分析最近逛Github，发现一个新出的BSA自动化流程，就叫QTL-seq[https://github.com/YuSugihara/QTL-seq#qtl-seq-us...
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@深山夕照深秋雨OvO 就是这个 merged_nodups.txt文件有用 下一步挂载就用这个文件
利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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@MrBlack_092c 不要用juicer2 这玩意有问题 大概率是那个juice-tools有问题 作者搞着搞着不开发了
利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)进行手动矫正。然...
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重测序分析（15）GWAS分析实操（1）gwas_emmax介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 vcf文件：all_snp.vc...
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一套比较简便的基因组组装流程V2.0
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术，新方法出来了，有更好的的方法...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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用verkko组装基因组
背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T（telomere-to-telomere）级别的基因组组装的组装软件。 2022年9月14号李恒在主题为Pac...
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基因组survey——K-mer频谱Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。在测序reads均匀分布的前提下，有以下公式：基因组长度 = 总碱基数...
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利用quickmerge对基因组组装的contig去重
quickmerge是一个用来去除基因组组装中的重复的软件。 该软件没有单独的文章，是作为某个基因组组装中的衍生脚本。该基因组文章是 Improved Genome Asse...
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利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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生信分析|MUMmer4+SyRi
前言 Comparing SVs between two genome：use whole-genome alignment 1、MUMmer4 MUMmer is a sy...
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两条命令就跑完RNA差异分析数据分析实在太难了，差异分析到底怎么跑啊，怎么才不出错呀！coldata到底怎么构建呀……！别慌，傻瓜包来了！它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差...
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利用masurca进行混合二、三代测序数据基因组组装
现在组装新基因组，一般用pacbio的hifi测序模式进行olc组装+Hi-c辅助组装染色体就行了，但是我们实验室以前测了一些基因组是低覆盖度的pacbio的clr模式测序+...
