最近文章要求原始数据上传NCBI数据库，小白摸索了一路总算有了点认识哈哈~写下来当做笔记。 1.账号 首先我们要登录NCBI网站，见图1右上角，...
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NCBI数据库Fastq原始序列上传和登录号获取 -
【比较基因组】共线性分析（JCVI）比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析...
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GTF与GFF文件格式的区别与转换
GTF与GFF文件都是用于存储注释信息的文本类型，经常可以看到二者格式之间的相互转换。二者的名字相似，连内容都极为相似，那么二者的差异究竟在哪里...
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R语言里做基因组共线性可视化R包~GENESPACE论文 GENESPACE: syntenic pan-genome annotations for eukaryotes https://www...
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BUSCO评估基因组组装和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进...
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mcmctree估算物种分歧时间推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义。通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进...
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基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或...
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利用3D-DNA挂载基因组使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个...
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HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具
本文可在 http://xuzhougeng.top/archives/hic-pro-an-optimized-and-flexible-pi...
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最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间...
专题公告
关于基因组分析中用到的一切软件，方法，知识等
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