R语言里做基因组共线性可视化R包~GENESPACE

论文

GENESPACE: syntenic pan-genome annotations for eukaryotes

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.483468v1

还没有发表

github主页

https://github.com/jtlovell/GENESPACE

详细介绍

https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/jtlovell/GENESPACE/blob/master/doc/genespaceOverview.html

windows系统还不能用 只能在MacOS或者在Linux系统下使用,我试试在linux下使用

首先安装orthofinder

conda install -c bioconda orthofinder 

安装MCScanX

https://github.com/wyp1125/MCScanX

git clone https://github.com/wyp1125/MCScanX.git
cd MCScanX
make
image.png

这里出现了三个error,但是也出现了三个可执行程序,试了一下可以运行,不知道后面会不会有影响

image.png

安装依赖的R包

conda install r-data.table r-dbscan r-R.utils r-devtools
conda install bioconductor-Biostrings bioconductor-rtracklayer

安装GENESPAE

# 启动R radian
devtools::install_github("jtlovell/GENESPACE", upgrade = F)

运行示例数据

library(GENESPACE)
runwd<-file.path("./testGenespace/")
make_exampleDataDir(writeDir = runwd) ## 这一步会下载示例数据

gids<-c("human","chimp","rhesus") 
gpar<-init_genespace(genomeIDs = gids,speciesIDs = gids,versionIDs = gids,ploidy = rep(1,3),wd = runwd,gffString = "gff",pepString = "pep",path2orthofinder = "orthofinder",path2mcscanx = "/home/myan/scratch/apps/mingyan/Biotools/MCScanX",path2diamond = "diamond",diamondMode = "fast",orthofinderMethod = "fast",rawGenomeDir = file.path(runwd,"rawGenomes")) 

parse_annotations(gsParam = gpar,gffEntryType = "gene",gffIdColumn ="locus",gffStripText = "locus=",headerEntryIndex = 1,headerSep = " ",headerStripText = "locus=") 
# 上面这行代码没有看懂是在干啥

gpar<-run_orthofinder(gsParam = gpar)  

## 运行这行代码出现警告信息
Warning message:
In system2(gsParam$paths$orthofinderCall, com, stdout = TRUE, stderr = TRUE) :
  running command ''orthofinder' -b ./testGenespace//orthofinder -t 4 -a 1 -X -og 2>&1' had status 120 and error message 'Interrupted system call'
## 不知道时候对后续有影响 有可能是 runwd<-file.path("./testGenespace/") 这行代码最后多了一个斜线 重新运行了一遍没有问题了

gpar<-synteny(gsParam = gpar)

## 画图展示

pdf(file="abc.pdf",width = 10,height = 8)
plot_riparianHits(gpar)
dev.off()
image.png

画图更多的参数

pdf(file="abc.pdf",width = 9.6,height = 4)
plot_riparianHits(gpar, refGenome = "chimp",invertTheseChrs = data.frame(genome = "rhesus", chr = 2),genomeIDs = c("chimp", "human", "rhesus"),labelTheseGenomes = c("chimp", "rhesus"),gapProp = .001,refChrCols = c("#BC4F43", "#F67243"),blackBg = FALSE,returnSourceData = T, verbose = F)
dev.off()
image.png

还可以自定义感兴趣的区域

regs <- data.frame(genome = c("human", "human", "chimp", "rhesus"),chr = c(3, 3, 4, 5),start = c(0, 50e6, 0, 60e6),end = c(10e6, 70e6, 50e6, 90e6),cols = c("pink", "gold", "cyan", "dodgerblue"))
 pdf(file = "abc2.pdf",width = 9.6,height = 4)
plot_riparianHits(gpar, onlyTheseRegions = regs,blackBg = FALSE)
dev.off()

image.png

构建泛基因组组

pg <- pangenome(gpar)

输出一个文件 results/human_pangenomeDB.txt.gz

打开这个文件,部分结果如下

image.png

这个结果怎么看暂时没看懂

帮助文档里写道

This is the source data that can be manipulated programatically to extract your regions of interest. Future GENESPACE releases will have auxilary functions that let the user access the pan-genome by rules (e.g. contains these genes, in these regions etc.). For now, we’ll leave this work to scripting by the user.

接下来就是研究研究如何准备自己的数据

欢迎大家关注我的公众号

小明的数据分析笔记本

小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,271评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,275评论 2 380
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,151评论 0 336
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,550评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,553评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,559评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,924评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,580评论 0 257
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,826评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,578评论 2 320
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,661评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,363评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,940评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,926评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,156评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,872评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,391评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容