IP属地：纽约州
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shell服务器中安装R包出现Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 问题时
该错误其实是Rlibrary的问题，设置linux共享库位置配置(LD_LIBRARY_PATH环境变量的错误）完整错误如下： Error in...
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一个简易版提取最长转录本的方法根据gff和基因组文件提取最长转录本有很多工具，但发现没有一个适合我的，因为那些工具有各种输入文件限制，例如GetTransTool[https...
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BUSCO v3版本的安装教程
这篇专为南农张峰老师组的系统发育基因组学的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一个特定b...
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R install packages on linux当服务器上没有可视化的Rstudio时，又不想把文件传下来运行，则需要在服务器上安装相关R包 一般R的安装最好用conda安装：conda in...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的扩张收缩分析中，基于单个物种的的扩张收缩基因家族可使用该物种的基因集作为背景基因集；但如果分析某个祖先节点的扩张收缩分析情况，背景基因...
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过滤序列比对长度较短的文件
一个很有意思的小脚本，现在写脚本的思路越来越偏向高效化了。两个小技巧：1. 这里用python写文件的话运行速度会慢很多，因此用subproce...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根据树的拓扑结构生成一系列与物种树一致的基因树[https://www.jianshu.com/p/70107400b233]；但...
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Paml分析过程中根据Othogroups信息和物种树生成对应的基因树
首先根据系统发育分析我们得到一个物种树文件， 对每个单拷贝基因进行正选择或适应性趋同分析，需要输入基因树。因此，我们根据genelist和物种树...