学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
IP属地：纽约州
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shell服务器中安装R包出现Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 问题时
该错误其实是Rlibrary的问题，设置linux共享库位置配置(LD_LIBRARY_PATH环境变量的错误）完整错误如下： Error in dyn.load(file,...
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一个简易版提取最长转录本的方法根据gff和基因组文件提取最长转录本有很多工具，但发现没有一个适合我的，因为那些工具有各种输入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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BUSCO v3版本的安装教程
这篇专为南农张峰老师组的系统发育基因组学的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一个特定busco v3.0.1版本安装...
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R install packages on linux当服务器上没有可视化的Rstudio时，又不想把文件传下来运行，则需要在服务器上安装相关R包 一般R的安装最好用conda安装：conda install R 接下来是安装R...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的扩张收缩分析中，基于单个物种的的扩张收缩基因家族可使用该物种的基因集作为背景基因集；但如果分析某个祖先节点的扩张收缩分析情况，背景基因集的选择很重要：CAFE分析时...
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过滤序列比对长度较短的文件
一个很有意思的小脚本，现在写脚本的思路越来越偏向高效化了。两个小技巧：1. 这里用python写文件的话运行速度会慢很多，因此用subprocess调用shell脚本会更快。...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根据树的拓扑结构生成一系列与物种树一致的基因树[https://www.jianshu.com/p/70107400b233]；但其实也可以用同一个物种树，然后...
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Paml分析过程中根据Othogroups信息和物种树生成对应的基因树
首先根据系统发育分析我们得到一个物种树文件， 对每个单拷贝基因进行正选择或适应性趋同分析，需要输入基因树。因此，我们根据genelist和物种树文件，生成一系列基因树文件。 ...
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用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析
新组装的基因组并没有上传和生成RefSeq基因组信息。而且一系列需要or.db或者构建or.db的步骤尝试构建数据库都不成功，要么缺乏物种信息，要么缺乏gene symbol...
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CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物种的基因名
比较基因组分析很多时候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups来进行分析，然后得到一系列OG的ID，对于不同的物种，我们还需要在orthogroup里找到对应...
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CAFE输出结果整理1cafe输出结果是很难整理的，虽然有脚本输出了各个物种的基因家族扩张收缩结果，每个物种是用数字代替的，而且结果都整合到一起了，现在需要单独提取某一段关于特定物种的情况，如图所...
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安装tables包遇到的问题
partitionfinder2是使用python2编写的，因此安装它的依赖包必须都是python2版本的，其中tables就是一个安装比较困难的包，在PYPI中找到tabl...
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根据上一行的ID增加到下一行缺失ID的元素中基因组上传中遇到的问题之一:In annotation file, each features should have ID information in the ninth...
