GEO数据挖掘或转录组分析差异表达[https://www.plob.org/tag/%e5%b7%ae%e5%bc%82%e8%a1%a8%e8%be%be]基因时，结果中...
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数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？ -
生信＋实验：最全单基因研究套路总结
随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的...
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差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value)Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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R语言分析6：TIDE评分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估免疫疗...
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一款简单好用的lncRNA预测工具：LGC测序技术的飞速发展积累了大量转录组数据，从中也发现了很多新的转录本。区分这些转录本是蛋白编码序列还是非编码序列是基因组注释和新基因鉴定中的重要研究内容。但对于大量存在的无训练...
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多种方法实现基因ID SYMBOL 与 ENTREZID转换方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SYMBOL 转 ENTREZID...
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mirRNA与lncRNA研究策略一、miRNA的一般研究策略 miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录...
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miRNA与mRNA结合预测miRNA是非编码调控小分子，通过抑制基因表达发挥作用，前体pri-miRNA、pre-miRNA通过核内的drosa酶作用，由核孔复合体进入至胞浆中，在通过Dicer酶的剪...
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GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAV...
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aglient芯片原始数据处理本文讲的是aglient芯片原始数据的处理，参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期，比如是空的，或者是有负值的，那我们就处理一下...
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GSEA 从数据到美图0.输入文件和R包 文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。 gsea要求的输入数据格式是排序后的logFC值，数据类型为向量，向量名字是e...
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estimate 算法计算肿瘤纯度
0.肿瘤纯度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%E6%95%B0/estimate.html#%E8%82%...
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KM生存分析如何取最佳的cutoffKM生存分析 如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位值作为cutoff，但也并不一定是这样 必要时可以选择最佳的cutoff值，如何实现？ ### survival...
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R语言pROC包绘制ROC曲线作者：白介素2相关阅读：R语言-multiROC packageR语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggfo...
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多个转录变体间保守序列的查找使用荧光定量PCR进行真核物种的基因表达量研究时，经常会遇到这样一个问题：有些基因经常存在多个转录变体，我该使用哪个转录本的序列进行引物的设计呢？ 1 什么是转录变体 要搞清...
