细胞类型鉴定--单细胞marker基因(持续修正)

细胞类型 marker基因
T Cells CD3D, CD3E
Th CD3D, CD3E, CD40LG
Tc CD3D, CD3E, CD8A, CD8B
gdT TRDV2, TRGV9
B cells CD19, CD79A, CD79B, MS4A1 [CD20]
Plasma cells IGHG1, MZB1, SDC1, CD79A
Monocytes and DCs CST3, LYZ
Monocytes and macrophages CST3, LYZ, CD68, CD163, CD14
NK Cells FGFBP2, FCG3RA, CX3CR1, GNLY, NKG7, TYOBP, PRF1
Neutrophils CST3, LYZ, FCGR3B, CSF3R
Photoreceptor cells RCVRN
Megakaryocytes CST3, PF4, PPBP
Fibroblasts FGF7, MME
Endothelial cells PECAM1, VWF
epi or tumor EPCAM, KRT18, KRT19, PROM1, ALDH1A1, CD24
immune CD45,PTPRC
epithelial/cancer EpCAM+,EPCAM
stromal CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo
mast cell CST3, KIT, CPA3
RBC HBA1, HBA2, HBB, HBD, HBE1, HBG1, HBG2, HBM, HBQ1, HBZ(用于细胞过滤)
文献:dropClust: efficient clustering of ultra-large scRNA-seq data
Potential cell type Markers
Naive T cells CD27, CCR7, CD8A, CD8B
CD4+ memory cells IL7R, CD27, CCR7
NKT cells ZNF683, CD8A, CD8B
B cells CD79A, CD37
CD8+ T cells GZMK, CD8A, CD8B
NK cells CD160, NKG7, GNLY, CD247, CCL3, GZMB
CD16+ and CD14+ monocytes CD68, CD16(FCGR3A), CD14, S100A12
Regulatory T cells CCR10, CD25(IL2RA), CD52, CMTM7, FOXP3
Monocyte derived dendritic cells CST3, CD1C, FCER1A
Megakaryocyte progenitors PF4, PPBP, PLA2G12A
Progenitor-NK cells ID2
Plasmacytoid dendritic cells GZMB, CD123(IL3RA)
library(ggplot2) 
genes_to_check = c('PTPRC', 'CD3D', 'CD3E', 'CD8A','CD19', 'CD79A', 'MS4A1' ,
                   'IGHG1', 'MZB1', 'SDC1',
                   'CD68', 'CD163', 'CD14', 
                   'RCVRN',
                   'FGF7','MME',
                   'PECAM1', 'VWF', 
                   'EPCAM' , 'KRT19', 'PROM1', 'ALDH1A1' )
library(stringr)  
p <- DotPlot(sce.all, features = genes_to_check,
             assay='RNA'  )  + coord_flip()

p
ggsave(plot=p, filename="check_marker_by_seurat_cluster.pdf")

张泽民老师的文章里对各类细胞的注释极为详细,可以参考。

出自Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid- Targeted Therapies in Colon Cancer
出自COVID-19 immune features revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas

亚群细分时不必拘泥于现有分类,可以使用marker基因来对细胞群命名,后续查看这些细胞群是否有生物学意义。

PBMC的注释:

文献:Temporally integrated single cell RNA sequencing analysis of PBMC from experimental and natural primary human DENV-1 infections
文献:A single-cell map for the transcriptomic signatures of peripheral blood mononuclear cells in end-stage renal disease
文献:Single-cell RNA sequencing reveals the sustained immune cell dysfunction in the pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia
  • 先分大群
T/NK cells (CD3D+ IL32+ NKG7+), myeloid cells (CD14+ FCGR3A+ S100A9+) and B cells (CD79B+ CD79A+ IGHM+)
  • 再细分亚群
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