在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
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Seurat的打分函数AddMouduleScore -
AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？GEO数据挖掘或转录组分析差异表达[https://www.plob.org/tag/%e5%b7%ae%e5%bc%82%e8%a1%a8%e8%be%be]基因时，结果中...
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生信＋实验：最全单基因研究套路总结
随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的...
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差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value)Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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R语言分析6：TIDE评分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估免疫疗...
