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差异分析|使用limma包 -
跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化
接着单细胞下游分析： 从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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Seurat-单细胞差异表达分析
加载数据 此插图强调了一些在Seurat中执行差异表达的示例工作流程。出于演示目的，我们将使用在第一个指导教程中创建的2700 PBMC对象。您可以在此处[https://w...
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这部分包含很多内容，且有的很长。 现在不会再去翻译这些插件等的使用了 或许就是当时翻译就是为了以后不翻译
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R语言绘图
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热图绘图操作之corplot
放假期间我们学习一下基础的东西 Corrplot软件包简介 介绍 所述corrplot包是相关矩阵，置信区间的图形显示。它还包含一些进行矩阵重新排序的算法。另外，corrpl...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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Seurat之细胞周期评分1. 细胞周期背景介绍 细胞周期(cell cycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复...
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单细胞seurat包的原理解析seurat涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 1、读入数据。 这个函数就是根据输...
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单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
