240 发简信
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    R 进阶cheat sheet

    一、数据框切片 去掉数据框具体某一列一阶:切片,不要那个就负号去除,例如df[,c(-1,-3,-5)]。显然如果数据框比较大,又是中间的项,就...

  • 大数据量单细胞数据处理方式

    单细胞数据爆发,现在细胞数据随便就是万和百万级别,除了有许多专门开发出来快速处理百万级的工具包(例如Cumulus等)和down sample的...

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  • Seurat 报错记录

    bug千千万,改完又忘,忘了又出…… 记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们 1. FindVariableFeatures()报错 这...

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    提取基因组fasta与比对bam/sam文件序列

    二代、三代测序被广泛应用,组学数据爆发,经常会遇到需要可视化比对效果的情况,常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等,但...

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    pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

    pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行,最后会生成所有的文件,包括最后一步AUCell的结果,但是实际提取时会发现regulon信...

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    pyscenic的结果不可重复

    一、pyscenic的结果不可重复 最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致,回溯发现scenic的第一...

  • conda默认的cache缓存文件重定向

    1. 问题 当使用conda安装包时,搭建轮子会默认使用home目录下的存储,但是有时候一次性安装的包比较多,home目录又小得可怜就会遇到如下...

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    sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()

    scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total(),它官方也是建议...

  • scanpy文件读取h5ad的一个BUG

    BUG 当正常使用anndata或者scanpy读入数据的时候,如下 常规操作,数据可能也是自己用anndata储存的,但是读入马上会出现一段非...

个人介绍
不写代码,就永远不会有bug
修仙路上永不服输,再大的虫子也不怕