NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...
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非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群 -
细胞类型重复性验证----MetaNeighbor（1）单细胞转录组的出现加快了细胞类型多样性的研究，以及一些稀有细胞类型的发现。但是，细胞类型的注释则因为不同数据集以及不同分析方法的原因差异较大。如何来验证细胞类型注释的真伪，以...
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他数据矫正方法原文链接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
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tidydr | 一行代码搞定小坐标系日常瞎掰 scRNA-seq数据聚类后会使用UMAP或者TSNE图来展示细胞分群结果。对于画这类降维图，Seuart包就可以轻松实现。不过，好像大家并不满足于Seuart...
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CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(二)注释热图注释 前面我们介绍了如何绘制聚类热图，在这一节我们将介绍如何添加注释 热图的注释是聚类热图的重要组成部分，能够将热图的行、列附加信息添加到热图中。 ComplexHeat...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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Seurat 新版教程：分析空间转录组数据随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seu...
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关闭PS和AI的版权提示框在使用Adobe系列软件时，若没有正版授权，则会出现弹窗，该弹窗是由Adobe Genuine Service 软件弹出的，且该弹窗无法关闭，下文介绍如何永久关闭该弹窗。（而...
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@abdkxk 因为我没有构建SpatialDimPlot的image对象，这部代码比较多就没放，你可以手动按照Seurat的格式构建一下就好（主要是因为这个函数可视化不好看，我们一般都不用
将R环境下的Seurat RDS格式数据转化成为到python环境下scanpy的anndata格式
无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
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R 进阶cheat sheet一、数据框切片 去掉数据框具体某一列一阶：切片，不要那个就负号去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。显然如果数据框比较大，又是中间的项，就比较难数到具体数字。而且只有函...
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R语言可视化（四十）：网络图绘制40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
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ROGUE：评估细胞亚群纯度说在前面 我们在前面通过3篇推文介绍了张泽民老师的系列研究成果张泽民老师系列文章解读(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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大数据量单细胞数据处理方式
单细胞数据爆发，现在细胞数据随便就是万和百万级别，除了有许多专门开发出来快速处理百万级的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外，为了减轻个人PC内存有...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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Seurat 报错记录
bug千千万，改完又忘，忘了又出…… 记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们🥹🥹 1. FindVariableFeatures()报错 这个是RNA这个assays...
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【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。 一.下载 下载链...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...