发简信
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R 进阶cheat sheet一、数据框切片 去掉数据框具体某一列一阶：切片，不要那个就负号去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。显然如果数据框比较大，又是中间的项，就...
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大数据量单细胞数据处理方式
单细胞数据爆发，现在细胞数据随便就是万和百万级别，除了有许多专门开发出来快速处理百万级的工具包（例如Cumulus等）和down sample的...
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Seurat 报错记录
bug千千万，改完又忘，忘了又出…… 记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们 1. FindVariableFeatures()报错 这...
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提取基因组fasta与比对bam/sam文件序列二代、三代测序被广泛应用，组学数据爆发，经常会遇到需要可视化比对效果的情况，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等，但...
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pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信...
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pyscenic的结果不可重复一、pyscenic的结果不可重复 最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致，回溯发现scenic的第一...
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conda默认的cache缓存文件重定向
1. 问题 当使用conda安装包时，搭建轮子会默认使用home目录下的存储，但是有时候一次性安装的包比较多，home目录又小得可怜就会遇到如下...
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sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建议...
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scanpy文件读取h5ad的一个BUG
BUG 当正常使用anndata或者scanpy读入数据的时候，如下 常规操作，数据可能也是自己用anndata储存的，但是读入马上会出现一段非...