步骤一：多序列比对 CSV与Fasta文件格式相互转化[https://cdcgov.github.io/CSV2FASTA/] 序列比对在线网站（只能比对小于500条序列)...
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序列保守性分析及Seqlogo展示
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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在scanpy中选择细胞
https://scselpy.readthedocs.io/en/latest/Tutorial.html[https://scselpy.readthedocs.io/e...
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bbknn仅对umap有效
今天试了一下在jupyter看pseudotime 在用Palantir和Cellrank的时候都出现了一个问题，就是批次效应非常明显，明明已经用bbknn去批次了，但是拟时...
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Adobe illustrator科研组图学习笔记（针对Mac）
绘图要求（以Cell为例） 画板一般选择“letter” 字体使用Helvetica或Arial。 分辨率：彩图≥300 dpi，黑白图≥500 dpi，线图≥1000 dp...
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monocle2 拟时间分支点分析结果解读How to map cell fate to branches? 拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果： 从图中可以看到，行代表基...
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monocle 轨迹图改颜色我们在采用monocle做细胞拟时序分析的时候，常常会不满意于原图的配色，而软件自带的配色是根据降维后分出的cell type进行颜色的分类的 那么我们可以通过 来完成 参考...
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利用matplotlib保存图片ref[https://blog.csdn.net/baidu_41798699/article/details/120267005] 一定要保存为嵌入字体信息的PDF，不然...
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BayesPrism|反卷积R包的使用方法官方网站：BayesPrism Gateway[https://www.bayesprism.org/pages/tutorial_deconvolution] 参考文献：C...
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批量读取cellranger以构建adata
首先构建一个dataframe，包含相关的metadata 读取内容包括转录组、TCR和Loom文件，注意看看TCR和转录组的barcode是否一致 注意，velocyto生...
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批量处理cellranger
为了便于处理，选择用循环cellranger count和cellranger vdj来分别处理转录组和TCR文件，而非用cellranger multi 别忘了修改Fast...
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Importing Pandas gives error AttributeError: module 'pandas' has no attribute 'core' in iPython N...
把那个Jupyter notebook script的文件关了重开就可以了
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fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较最近新发现一个工具——parallel-fastq-dump，能多线程运行fastq-dump处理SRA文件，而且与另一个常用的多线程工具fasterq-dump相比，还有-...
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