最近新发现一个工具——parallel-fastq-dump，能多线程运行fastq-dump处理SRA文件，而且与另一个常用的多线程工具fasterq-dump相比，还有--gzip选项可以直接生成压缩格式文件，因此下面简单对比一下这三种工具处理SRA文件的速度
一、parallel-fastq-dump基本信息
parallel-fastq-dump的Github地址：https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump
- 注意，parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump，需要预先安装sra-tools：
conda install -c bioconda sra-tools
- conda命令安装parallel-fastq-dump：
conda install -c bioconda parallel-fastq-dump
parallel-fastq-dump参数如下
（由于是直接依赖于fastq-dump命令，因此fastq-dump的参数也可使用，如--split-files、--gzip、--split-3等）：
二、各命令处理SRA文件用时比较
1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间
① fastq-dump
- （非--gzip模式）
用时：1m49s
time (fastq-dump -O ./ --split-3 SRR3414630.sra)
- (--gzip模式）
用时：8m35s
time (fastq-dump -O ./ --split-3 --gzip SRR3414630.sra)
② fasterq-dump
fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了，不需要额外再下载。
fasterq-dump没有--gzip的选项，若想生成压缩格式文件，常与多线程压缩工具pigz联合使用
- （非--gzip模式）
用时：1m21s
time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra)
- fasterq-dump + pigz :
用时：2m14s
time (fasterq-dump --split-3 -e 12 -O ./ SRR3414630.sra ; pigz -p 12 SRR3414630.fastq)
③ parallel-fastq-dump
- （非--gzip模式）
用时：53s
time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3 -s SRR3414630.sra)
- (--gzip模式):
用时：1m1s
time (parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-3 --gzip -s SRR3414630.sra)
2. 再测试处理一个2.6G的10X测序SRA文件所用时间
① fastq-dump （--gzip）
用时：38m23s ( 这也太慢了吧。。。)
time ( fastq-dump -O ./ --split-files --gzip SRR7722937.sra )
② fasterq-dump + pigz
用时：11m12s
（注意fasterq-dump处理10x数据的参数是--split-files --include-technical，仅加--split-files得不到三个文件 ）
time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq)
③ parallel-fastq-dump（--gzip）
用时：4m2s
（处理10x数据的参数与fastq-dump一致，仅用--split-files即可）
time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR7722937.sra )
通过以上测试，可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的！！！
在本例中，调用12线程，parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍， 比fastq-dump快8-10倍!
那之后就多尝试用parallel-fastq-dump代替我常用的fasterq-dump+pigz吧
