第一步 找几篇与你的课题相似的硕士毕业论文或者博士论文,先在脑海中形成一个大致框架。 第二步 模仿着先把引言写出来,然后在多查文献,修改并丰满引言部分。(研二暑假) 第三步 ...
写在前面 早前,我已经通过插件的方式,让所有 TBtools 用户,都能完成 RNAseq 数据分析,从测序原始数据到基因表达量,使用的是一个曲线救国的策略,即直接使用 ka...
掌握 Advanced Circos 功能,我们发表了非常详细的图文教程和教学视频,详细可见 iMeta 期刊文稿。 前述,我们举办了一个 Advanced Circos 用...
http://blog.sciencenet.cn/blog-118204-1111379.html WGCNA基本概念[http://blog.genesino.com/2...
在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前,先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密:参考文章:TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容,我查看了前一篇文章里...
转录因子分析可以了解细胞异质性背后的基因调控网络的异质性。转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容,R语言分析一般采用的是SCENIC包,具体原理可参考两篇文章。1、《SC...
其实转录组现在很普及了,一个样品的测序价格也非常低。转录组的作用几乎如同于PCR一样常见,在很多文章中只是一个验证的作用,很少有文章单纯靠转录出发做一个研究,除非你有非常好的...
写在前面 很多时候,我们做完转录组,会想着看看样品与样品之间的表达相关性如何?依此,可以看看是否存在异常样品,也或许可以找到一些生物学相关问题。常常,我会使用 R 语言的 C...
如何快速了解自己研究物种的同属或者同科都有哪些物种做了基因组测序? 今天遇到了这个问题,首先想到NCBI数据库有专门的地方存储都有哪些物种做了基因组测序 打开NCBI首页直接...
三年过去,我们更新了至少300个版本,尽管现在标签只是 TBtools v1.110。今天除夕,给大伙送一个新春大礼包,TBtools 主程序新功能,「PPI Predict...
写在前面 今天休息了一天,大体学了一下一直有想法学,但是没时间学的东西。结果就是,太难了。时间有限,还是放下。但今天还剩下三个多小时,总得做点啥。看看,似乎今天没写啥推文。于...
注: 没想好怎么释放才对得起前期支持开发的朋友们。月内有空再说吧。 -- 简而言之,本文部分内容只适合看看,无法实操。 写在前面 恍恍惚惚,一个多月就过去了。七月底,我在公号...
写在前面 约莫一个月前,不知为何,突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想,TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今,几乎没有停止...
写在前面 五年前,《生信札记》公众号成立不久,我间断发了几个推文,然后就没再继续运营了。直到三四年前,花了点时间,于是现在这样。有不少老友估计都是那个时候就跟着看过来的,其实...
参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载,它们分别是:1.NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc)2.UCSC (http://h...