单细胞，这绝对是近五年来组学领域最热的一个词，其特点便是对单个细胞的测序破除了多细胞体带来的平均化效应，使得一些微量信号也可以被挖掘出来。不得不承认，单细胞的出现确实是具有划...
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2023-09-20 bulk RNA-seq 和 scRNA-seq联合分析 -
植物在线单细胞转录组分析强势来袭单细胞测序一直很火，单细胞测序（Single-cell sequencing）是一种高通量、高分辨率的分子生物学技术，可以对单个细胞进行基因组、转录组、表观组等方面的测序，从...
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创建大鼠cistarget参考数据库运行SCENIC做单细胞的转录因子分析时遇到一个问题，就是运行SCENIC所需的输入文件中需要用到cistarget database的参考motif文件，而这个在SCENI...
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【pySCENIC】拟南芥例子测试上面一个帖子，我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库，今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下，用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略做了一下，只做测试，不做质量参...
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【pySCENIC】构建其它物种的motif数据库前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是遇到了一些问题，现在把自己的流...
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【DoRothEA】单细胞转录因子分析今天学习另外一个转录因子活性预测工具：DoRothEA。很多文章用的也是这个工具，看起来比pySCENIC好像快很多。其实，单细胞转录因子分析本质上是计算一种specific...
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个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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单细胞数据分析笔记2-2: 细胞通讯分析（CellChat）3. CellChat CellChat，用于根据单细胞数据对细胞间通信进行推理、分析和可视化。包含文献支持的多个物种中的配体-受体相互作用，从而全面概括已知的分子相互作用机...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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华农研究生在读，生信在学，可接1对1保研辅导。
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植物的单细胞数据如何过滤线粒体基因曾老师有一篇文章《猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因》[https://mp.weixin.qq.com/s/NoLB5_M9mHu6yAFk0yRICg]，其中介绍了猪的单细...
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植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)常见的生物信息分析中，基因组的注释文件和参考基因组具有相同重要的功能，如果说参考基因组是一个蕴含着所有资源的宝岛，那么基因组的注释文件就是航海路线图。因此，理解基因组注释文件...
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记录一些单细胞测序、空间转录组的文章、技术、处理方法等，稍显杂乱。
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收集各种单细胞测序数据分析方法
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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【文献分享】比克氏棉子叶单细胞转录图谱解析了色素腺体发育今天分享一篇发在MP上浙大的一篇文章，研究是一种棉花的子叶。 文章背景： 色素腺体（pigment gland）是棉属（Gossypium）特有的防御结构，其主要内含物棉酚在...
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最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
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R语言 导出图形问题这个话题来自于一个同学跟我讨论的一个问题，问题如下： 他在导出图形的时候出现了报错（直接画图是没有问题的）： 我们来逐条分析一下，这个报错是想表达什么？以及什么情况下可能出现...
