Wei_Sun

EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...

我与生信

前一篇推送已经与大家分享了这篇发表在Nature Plants上的关于小麦再生的文章。涉及的生信分析非常丰富，其比较重要的是关于转录因子的分析。所以这次推送就其中重要的几项转...

rapunzel0103

最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...

麦冬花儿

单细胞，这绝对是近五年来组学领域最热的一个词，其特点便是对单个细胞的测序破除了多细胞体带来的平均化效应，使得一些微量信号也可以被挖掘出来。不得不承认，单细胞的出现确实是具有划...

生信漫谈

单细胞测序一直很火，单细胞测序（Single-cell sequencing）是一种高通量、高分辨率的分子生物学技术，可以对单个细胞进行基因组、转录组、表观组等方面的测序，从...

sglwc

运行SCENIC做单细胞的转录因子分析时遇到一个问题，就是运行SCENIC所需的输入文件中需要用到cistarget database的参考motif文件，而这个在SCENI...

jjjscuedu

上面一个帖子，我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库，今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下，用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略做了一下，只做测试，不做质量参...

jjjscuedu

前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是遇到了一些问题，现在把自己的流...