EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为,每一个SNP对复杂性状的解释率都很低,每个组件的方差在运算中...

EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为,每一个SNP对复杂性状的解释率都很低,每个组件的方差在运算中...
前一篇推送已经与大家分享了这篇发表在Nature Plants上的关于小麦再生的文章。涉及的生信分析非常丰富,其比较重要的是关于转录因子的分析。所以这次推送就其中重要的几项转...
最近跑通了一遍GWAS分析,全程在linux操作,虽然具体还有好多需要微调的地方,先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完,从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法,加起来也有二十余篇,按分析的流程整理出一份清单,也许以后有新的方法或者...
单细胞,这绝对是近五年来组学领域最热的一个词,其特点便是对单个细胞的测序破除了多细胞体带来的平均化效应,使得一些微量信号也可以被挖掘出来。不得不承认,单细胞的出现确实是具有划...
单细胞测序一直很火,单细胞测序(Single-cell sequencing)是一种高通量、高分辨率的分子生物学技术,可以对单个细胞进行基因组、转录组、表观组等方面的测序,从...
运行SCENIC做单细胞的转录因子分析时遇到一个问题,就是运行SCENIC所需的输入文件中需要用到cistarget database的参考motif文件,而这个在SCENI...
上面一个帖子,我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库,今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下,用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略做了一下,只做测试,不做质量参...
前面测试了常见的人类和小鼠的数据集,但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC,就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料,我自己也是遇到了一些问题,现在把自己的流...