双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder) -
植物的单细胞数据如何过滤线粒体基因曾老师有一篇文章《猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因》[https://mp.weixin.qq.com/s/NoLB5_M9mHu6yAFk0yRICg]，其中介绍了猪的单细...
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植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)常见的生物信息分析中，基因组的注释文件和参考基因组具有相同重要的功能，如果说参考基因组是一个蕴含着所有资源的宝岛，那么基因组的注释文件就是航海路线图。因此，理解基因组注释文件...
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记录一些单细胞测序、空间转录组的文章、技术、处理方法等，稍显杂乱。
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收集各种单细胞测序数据分析方法
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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【文献分享】比克氏棉子叶单细胞转录图谱解析了色素腺体发育今天分享一篇发在MP上浙大的一篇文章，研究是一种棉花的子叶。 文章背景： 色素腺体（pigment gland）是棉属（Gossypium）特有的防御结构，其主要内含物棉酚在...
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R语言 导出图形问题这个话题来自于一个同学跟我讨论的一个问题，问题如下： 他在导出图形的时候出现了报错（直接画图是没有问题的）： 我们来逐条分析一下，这个报错是想表达什么？以及什么情况下可能出现...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
