背景 做单细胞转录组分析时，通过找差异基因可以得到很多基因集，一方面我们需要看这些基因集的相对表达量是否显著上/下调，但我们往往更关注这些差异基因（DEGs）涉及的相关功能是...
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使用clusterProfiler进行基因集富分析两个函数就够了 2023-09-12 -
Linux 命令行和集群投递任务小技巧汇总 2023-08-29
背景 记录一下平时使用Linux命令行和集群投递任务的一些小技巧（包括.bashrc的配置），后续将不断补充。 配置命令行的风格，可以根据自己的审美修改 Linux命令行比较...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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biomaRt多个物种同源基因一步转换 2022-08-30适用背景 之前写了一篇跨物种同源基因转换[https://www.jianshu.com/p/abf5138e3757]的文章，里面用到biomaRt这个包，但是这个包只能对...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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使用R 中的Seurat::DotPlot绘制细胞类型基因表达的气泡图背景：使用seurat包中的DotPlot函数绘制细胞类型基因表达的气泡图，此函数能够将每一个细胞的基因表达量统计为每一个细胞类型的基因表达量。 #object是seurat...
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Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错
1.报错 在安装Seurat会出现如下核心报错： 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像，都不解决问题，因为着根本不是下载的错误...
