背景 做单细胞转录组分析时，通过找差异基因可以得到很多基因集，一方面我们需要看这些基因集的相对表达量是否显著上/下调，但我们往往更关注这些差异基因（DEGs）涉及的相关功能是...
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使用clusterProfiler进行基因集富分析两个函数就够了 2023-09-12 -
Linux 命令行和集群投递任务小技巧汇总 2023-08-29
背景 记录一下平时使用Linux命令行和集群投递任务的一些小技巧（包括.bashrc的配置），后续将不断补充。 配置命令行的风格，可以根据自己的审美修改 Linux命令行比较...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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biomaRt多个物种同源基因一步转换 2022-08-30适用背景 之前写了一篇跨物种同源基因转换[https://www.jianshu.com/p/abf5138e3757]的文章，里面用到biomaRt这个包，但是这个包只能对...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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使用R 中的Seurat::DotPlot绘制细胞类型基因表达的气泡图背景：使用seurat包中的DotPlot函数绘制细胞类型基因表达的气泡图，此函数能够将每一个细胞的基因表达量统计为每一个细胞类型的基因表达量。 #object是seurat...
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Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错
1.报错 在安装Seurat会出现如下核心报错： 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像，都不解决问题，因为着根本不是下载的错误...
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markdown语法 2022-06-19
标题 段落 换行符 加粗或者斜体 引用 嵌套引用 for example: this a testanother test 有序列表 无序列表 代码 testuse `tes...
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酷狗音乐[kugou music]通过Crash流量转发绕开公司上网策略组白名单由于公司网络IT屏蔽了酷狗音乐，本文介绍如何通过Crash的软件绕开公司策略组白名单，使用酷狗音乐客户端的流量转发功能继续愉快听歌。 电脑连接公司的网络，在公司上网策略组白名...
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从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
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利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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@一车小面包人 麻烦作者多多更新，我需要😋
linux 快捷命令的使用 2022-06-06
使用sed命令去掉第一个字符前的所有空格 保留除第一列外的所有列 使用cut命令获取第一列外的所有列
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R 语言基础 2022-06-13
R中的变量可以有数字、字母、下划线和点；只能以点或者字母开头查看已经定义的变量可以用ls()rm(list=ls()) >cat("a","的大写是","A","\n")>a...
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JS 模块化开发 2022-06-09
在ES5中使用传统的闭包等方法实现模块模式 扩展模块 注意使用这种方法扩展模块时，扩展的模块内部的变量与原始的变量不共享作用域，各自享有作用域 使用AMD定义模块 使用def...
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Linux R语言打开.h5文件异常
6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件，需用从中提取出表达矩阵然后重构Seurat分析对象；该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上...
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R加载包SeuratData出现invalid multibyte string, element 1报错
在加载包SeuratData是遇到了以下报错： 重装还是不解决问题，之前使用也没有出现过报错。 检测.libPaths()路径也是没有问题的，所以有可能为内码冲突问题 在操作...
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